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目前传统 circRNA 分析方法存在诸多局限,研究人员开发了回文交联 DNA 纳米聚集体系统。该系统能在 30 分钟内等温检测 circSATB2,检测限达 77.56 fM ,还可精准识别肺癌不同阶段和亚型,为肺癌早期筛查带来希望。
在生命科学的微观世界里,有一种神秘的分子 —— 环状 RNA(circRNA),它就像隐藏在细胞中的 “小精灵”。circRNA 是一类内源性的共价闭合非编码 RNA,由前体 mRNA(pre - mRNA)在剪接过程中反向剪接形成。它有着独特的闭合环状结构,这让它比线性 RNA 更加稳定,仿佛穿上了一层坚固的 “铠甲”,能抵御外切核酸酶的降解。
circRNA 在细胞、发育阶段和组织中都有着特异性的表达模式,而且承担着许多重要的生物学功能。它可以像海绵一样吸附 miRNA,也能作为基因转录的调节因子,参与到众多生物学过程中。更令人瞩目的是,circRNA 与多种人类疾病紧密相连,比如神经系统疾病、心血管疾病,尤其是各类恶性肿瘤。以 circSATB2(hsa_circ_0008928)为例,它在非小细胞肺癌细胞(NSCLC)中高表达,一旦它的表达被抑制,肿瘤的生长、迁移和侵袭都会受到显著影响,因此它成为了疾病诊断和监测的重要生物标志物。
然而,想要深入了解 circRNA 并利用它来对抗疾病,首先得有可靠的检测方法。但现有的传统检测手段却问题重重。像 Northern blotting 需要消耗大量样本;RNA 测序、PCR 和荧光原位杂交(FISH)不仅需要精密复杂的设备,实验步骤还十分繁琐;而且这些方法普遍存在灵敏度欠佳、成本高昂、数据分析复杂等问题。例如,有一种基于二茂铁封端的金纳米颗粒 / 链霉亲和素共轭物的电化学传感器,虽然能检测 circRNA,但操作过程复杂又耗时,整个检测流程竟长达 35.5 小时!还有基于杂交链式反应的荧光生物传感器,不仅需要设计多种探针,反应时间也长达 3 小时,这些都限制了它们的实际应用。
在这样的困境下,为了找到一种快速、简便的 circRNA 检测方法,研究人员踏上了探索之路。虽然不清楚具体来自哪个研究机构,但他们成功开发出了一种回文交联 DNA 纳米聚集体系统,相关研究成果发表在《Biosensors and Bioelectronics》上。这一系统就像是为 circRNA 检测和肺癌诊断量身定制的 “神器”,具有重大的意义。它不仅能够快速检测 circRNA,还能精准识别肺癌,为肺癌的早期筛查带来了新的希望。
研究人员在开展这项研究时,用到了几个关键技术方法。首先是构建了自组装的回文 DNA 纳米球(DS),通过简单的退火步骤,将单链 DNA 溶解在特定缓冲液中加热处理即可得到。然后将其作为空间限制支架,连接上发夹探针(HP)形成杂交组件(DSH)。利用核酸杂交技术,当目标 circSATB2 存在时,会与发夹探针杂交,引发后续一系列反应。此外,还运用了 Klenow 片段聚合酶(KF)介导的延伸反应,实现信号放大。
下面来看看具体的研究结果:
- circSATB2 检测原理:研究人员选择 circSATB2 作为分子靶点,它来自 SATB2 基因的 4 到 8 号外显子,位于 2q33.1 染色体上,在肺癌细胞中表达异常。构建的 DS 和 HP,当 circSATB2 存在时,它会与 HP 杂交,使锁定的回文序列暴露,回文末端通过分子间杂交发生交联,形成自连环状结构。之后,杂交的回文末端作为自引物引发延伸反应,最终组装成网状交联 DNA 纳米聚集体,使得 Cy5 信号恢复,从而实现对 circSATB2 的检测。
- 检测性能:凭借 DSH 纳米结构出色的抗降解能力、优越的动力学行为,以及 KF 介导的延伸反应的高扩增效率和 DNA 纳米聚集体的信号增强作用,该纳米系统能在 37°C 等温条件下,30 分钟内实现对 circSATB2 的 “混合即读” 检测,检测限低至 77.56 fM 。
- 细胞内检测与癌症识别:该系统还具备单细胞灵敏度,能够测量细胞内的 circSATB2,探索其生物学功能。更重要的是,它可以精准识别肺癌的不同阶段(I/II/III)和亚型(IA1/IA2/IA3/IB)。
研究结论表明,这种回文交联 DNA 纳米聚集体系统在 circRNA 检测和肺癌诊断方面展现出了卓越的性能。与之前报道的 circRNA 检测方法相比,它具有显著优势。其 DNA 纳米球的组装仅需简单退火步骤,大大降低了成本和操作难度。这一成果为深入研究 circRNA 的生物学功能提供了有力工具,也为肺癌的早期筛查和精准诊断开辟了新途径,有望在未来的临床应用中发挥重要作用,为肺癌患者带来更多的希望和曙光。不过,目前该研究可能还处于实验室阶段,未来还需要进一步开展临床试验等研究,验证其在实际医疗场景中的有效性和可靠性 。相信随着研究的不断深入,这一技术将为生命科学和健康医学领域带来更多的惊喜和突破。