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玉米作为重要主食,其营养品质提升困难,传统 QTL 定位存在问题。研究人员开展玉米多基因营养性状的 Meta-QTL(MQTL)分析研究,鉴定出 34 个稳定 MQTLs 等。该研究为培育营养强化品种提供依据,助力提升玉米营养品质。
玉米,作为全球重要的主食作物,为众多人口提供能量与营养支持。然而,它在营养成分上存在短板,像缺乏人体必需的氨基酸、微量营养素以及维生素等。为了改善这一状况,提升玉米的营养价值,科研人员一直致力于相关研究。传统的数量性状位点(QTL)映射方法在研究玉米营养品质相关基因时遇到了难题。由于玉米的营养品质性状,如籽粒锌(GZn)、籽粒铁(GFe)、籽粒油(KO)、蛋白质质量(PQ)和含量(PC)等,都是由多个基因共同控制的复杂性状。而且不同的研究在不同的实验条件下进行,使用不同的实验群体,导致研究结果差异很大,QTL 不稳定,难以确定与这些营养性状真正相关的基因,这使得传统 QTL 映射在玉米营养品质改良的实际应用中困难重重。
在这样的背景下,研究人员迫切需要新的研究方法来突破困境。为此,来自未知研究机构的研究人员开展了一项关于玉米多基因营养性状的 Meta-QTL(MQTL)分析研究。他们的研究成果发表在《Food Chemistry: Molecular Sciences》上,为玉米营养品质的提升带来了新的希望。
研究人员在开展此项研究时,运用了多种关键技术方法。首先,他们通过全面的文献检索,从 29 项独立研究中收集了 308 个与玉米营养品质相关的 QTL 数据。然后,使用 R Studio 和 LPmerge 软件包构建了共识遗传图谱,再借助 BioMercator 软件将 QTL 投影到共识图谱上进行 Meta 分析。最后,通过查询相关数据库来确定候选基因(CGs),并对这些基因进行表达分析。
研究结果如下:
- QTLs 分布及投影:研究发现,308 个 QTLs 在玉米 10 条染色体上分布不均,其中染色体 6 上 QTL 数量最多,10 上最少。KO 相关的 QTL 比例最高,GFe 相关的最少。多数 QTL 解释的表型变异在 5 - 15%,LOD 分数在 2 - 6,平均置信区间(CI)为 22.36 cM。最终只有 245 个 QTLs 能投影到共识图谱上,不同染色体上投影的 QTL 数量差异显著。
- Meta-QTLs 的鉴定:研究人员共鉴定出 34 个 MQTLs,它们分布在所有 10 条玉米染色体上。这些 MQTLs 涉及不同的营养性状,如 3 个 MQTLs 特异于 Zn,2 个特异于 Fe 等。MQTLs 的平均 CI 为 4.59 cM,相比初始 QTLs 显著降低,表明定位更加精确。此外,还鉴定出 6 个有利于标记辅助选择(MAS)的 MQTLs 和 5 个 MQTL 热点区域。
- 候选基因分析和基因表达分析:在 34 个 MQTL 区域内共鉴定出 591 个 CGs,这些基因具有不同的蛋白质结构域和家族。其中 14 个关键基因参与种子储存蛋白调节、金属稳态、脂肪酸生物合成和籽粒灌浆等过程。通过对这些基因的表达分析发现,不同基因在玉米不同组织和发育阶段的表达存在差异,表明它们在调节玉米营养品质方面发挥着重要作用。同时,研究人员还发现了玉米与水稻、高粱之间的共线性关系,部分基因在不同物种间具有同源性,但功能可能存在差异。
在研究结论和讨论部分,研究人员指出,MQTL 分析有效缩小了与营养品质相关的基因组区域,鉴定出稳定的 MQTLs 和 CGs。这些结果对于通过标记辅助选择(MAS)和基因工程培育营养丰富的玉米品种具有重要意义。虽然该研究取得了重要进展,但也存在一定的局限性,例如 MQTL 分析依赖的转录组数据集在遗传背景和发育阶段上存在差异,因此在将候选基因应用于实际育种之前,需要在特定的遗传背景下进行验证。不过,总体而言,这项研究为玉米营养品质的改良提供了新的思路和方法,为培育更具营养价值的玉米品种奠定了坚实的基础。