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在听觉神经病谱系障碍（ANSD）研究中，OTOF 基因致病性变异解读困难。研究人员对台湾非综合征型 ANSD 队列进行研究，综合多种技术，发现新变异并明确其致病性，确定特定单倍型，为精准诊断和个性化治疗提供依据。
听力，是人们感知世界的重要途径之一，但对于患有听觉神经病谱系障碍（ANSD）的人来说，这却成为了一种奢望。ANSD 涵盖多种疾病机制，其中由 otoferlin 基因（OTOF
[1]）致病性变异导致的听觉突触病，也被称为 DFNB9，是常见病因之一。虽然目前已发现 200 多种与 OTOF 相关的致病性和可能致病性变异，且在特定人群中存在一些奠基者突变，但 OTOF 基因型与临床表现（表型）之间的复杂关系，给 DFNB9 患者的管理带来了巨大挑战。
一方面，标准的下一代测序（NGS）方法受限于短读长，难以解决 OTOF 基因（>100 kb）中远距离变异的定相问题，尤其是在无法获取父母样本时。另一方面，确定非规范剪接位点的隐秘变异的致病性，也缺乏可靠的预测 - 验证流程。因此，为了更准确地诊断 DFNB9，并为患者提供个性化的治疗策略，深入研究 OTOF 基因变异至关重要。
来自台湾大学医学院等机构的研究人员开展了此项研究。他们通过对 65 名确诊为非综合征型 ANSD 的中国汉族患者进行研究，利用多种先进技术，深入探究 OTOF 基因变异情况，旨在揭示 DFNB9 的遗传景观，提高对其分子机制的理解，为临床诊断和治疗提供有力支持 。该研究成果发表在《Molecular Medicine》上。
研究人员采用了多种关键技术方法：
- 靶向短读长测序（SRS）：基于常规 NGS 程序，使用包含 214 个遗传性听力障碍相关基因的靶向基因 panel，对患者进行测序，以检测 OTOF 基因变异。
- 长读长测序（LRS）：运用牛津纳米孔技术（ONT）MinION 平台，对特定变异进行 LRS 检测，实现远距离变异的高分辨率单倍型定相。
- 预测 - 验证流程：整合 SpliceAI 软件和微小基因检测，评估隐秘变异对剪接的影响，确定变异的致病性。
下面来看具体的研究结果：
- OTOF 变异谱：经 SRS 检测，在 65 名患者中，33 名（50.8%）携带双等位基因致病性 OTOF 变异，5 名携带单等位基因变异。共检测到 18 种不同的 OTOF 变异，其中包括 3 种新变异：c.3864G>A（p.Ala1288=）、c.4501G>A（p.Ala1501Thr）和 c.5813 + 2T>C。
- 隐秘变异的预测与验证：利用 SpliceAI 软件和微小基因检测，研究人员发现 c.3894 + 5G>C 和 c.3864G>A（p.Ala1288=）这两种非规范剪接变异会导致异常剪接。微小基因检测结果显示，c.3894 + 5G>C 会使外显子 31 跳跃，c.3864G>A（p.Ala1288=）会导致外显子 30 完全跳过，从而影响蛋白质编码。
- c.5098G > C（p.Glu1700Gln）和 c.5975A > G（p.Lys1992Arg）的研究：c.5098G > C（p.Glu1700Gln）在台湾 DFNB9 患者中较为常见，但部分携带该变异的个体听力正常，提示其外显率存在问题。同时，c.5975A > G（p.Lys1992Arg）与 c.5098G > C（p.Glu1700Gln）频繁共现，且位于同一单倍型上。通过 LRS 单倍型定相分析证实，这两个变异在一条等位基因上呈顺式构型，与其他致病性变异呈反式构型时，可导致 OTOF 基因的复合杂合性，进而引发 DFNB9。
在研究结论和讨论部分，研究人员利用先进的测序、生物信息学和实验工具，对非综合征型 ANSD 患者的 OTOF 基因进行了深入研究。研究结果证实，致病性 OTOF 变异是台湾人群中该疾病的主要遗传病因。通过 SpliceAI 和微小基因检测，成功鉴定并验证了两种导致异常剪接的隐秘变异的致病性。此外，LRS 单倍型定相分析揭示了 c.5098G > C（p.Glu1700Gln）和 c.5975A > G（p.Lys1992Arg）的顺式构型构成了一种独特的致病性等位基因。
该研究具有重要意义：
- 临床诊断方面：研究成果有助于提高 DFNB9 的分子诊断准确性，减少诊断不确定性，为临床医生提供更可靠的诊断依据，从而更精准地判断患者的病情。
- 遗传咨询方面：明确的变异信息和遗传模式，能帮助遗传咨询师为患者及其家属提供更准确的遗传咨询服务，让他们更好地了解疾病的遗传风险。
- 个性化治疗方面：深入了解致病机制，为开发针对 DFNB9 的个性化治疗策略奠定了基础，有望推动基因治疗等新型治疗方法的发展，为患者带来更有效的治疗手段。
总之，这项研究为深入理解 DFNB9 的遗传机制提供了重要线索，为精准医学在听觉神经病领域的应用开辟了新的道路，具有显著的临床价值和科学意义。
