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在法医遗传学领域，RNA 能否用于法医调查遗传谱系（FIGG）尚不明确。研究人员对全血转录组测序并结合基因型推算开展研究。结果表明，该方法可推断远亲关系，且错误率低。这拓展了转录组在法医遗传学中的应用。
在法医遗传学的舞台上，RNA 曾被认为是 “不稳定分子”，长期游离于主流应用之外。传统观念里，RNA 易降解，似乎难以在法医样本分析中发挥关键作用。但随着研究深入，RNA 展现出独特优势：它在样本中拷贝数高，能反映基因表达水平，还携带着大量单核苷酸多态性（SNP）信息。在一些特殊样本，如毛发、陈旧血迹中，DNA 含量低难以分析，RNA 却有可能成为破案的关键。此前，转录组测序虽能提供 SNP 覆盖，但用于推断远亲关系的可行性未知。于是，为填补这一空白，来自丹麦的研究人员开启了一项意义非凡的研究。
这项研究成果发表在《Forensic Science International: Genetics》上，其结论犹如一颗重磅炸弹，在法医遗传学领域激起千层浪。研究表明，转录组衍生的基因型结合推算基因型，足以推断从全同胞到第三代堂表亲的家族关系。这一成果不仅拓展了转录组在法医遗传学中的应用边界，更为后续研究指明了方向，有望革新法医遗传分析手段，让更多悬案真相大白。
研究人员开展研究时，主要运用了以下关键技术方法：首先，从 41 名志愿者采集全血样本，提取 RNA 并进行质量检测。接着，对 RNA 进行测序，同时提取 DNA 进行 SNP 基因分型。之后，对测序数据进行生物信息分析，包括将测序数据转换为 fastq 文件、过滤 reads、比对到参考基因组、识别和标记重复读段等操作。最后，进行基因型检测、推算以及模拟和关系推断。
下面来看看具体的研究结果：
- RNA 完整性：从全血中提取的 RNA 浓度平均为 25.8 ng/μL ，质量上乘，DV200 分数达 96 - 99% ，RIN 分数为 7.5 - 9.6。这表明所提取的 RNA 适合后续实验，为研究的顺利开展奠定了基础。
- 基因型检测质量参数：研究人员通过比较 RNA 和 DNA - 基于 Omni5 - 4 阵列的基因型，确定了合适的质量参数阈值。当最小读长深度为 10，最小 ΔGL 为 10 时，平均有 95,803 个基因型可与 Omni5 - 4 阵列结果比较。此外，合并生物重复样本后，SNP 数量大幅增加，且选择基因型概率阈值≥0.99 可确保低错误率。
- 关系推断：评估不同 MAF 阈值对关系推断的影响后发现，MAF 阈值为 0.05 时，能实现最高程度的正确分类。基于转录组衍生的 SNP，可可靠地分类从全同胞到第三代堂表亲的家族关系，其性能与完整的 FIGG SNP 集相近。不过，研究也存在一定局限性，如样本未涵盖法医污渍的多样性，转录组因细胞和组织类型而异，可能影响关系推断，后续还需进一步测试。
- 基因分型错误：通过与 Omni5 - 4 阵列的 DNA - 基于基因型比较，识别出基因分型错误。虽然 RNA - 基于基因型的错误率在 1.5 - 2.3% ，但只有极少数错误（<0.06%）可能影响 IBD 段长度和关系推断。并且，错误的分布方式对关系分类有影响，随机分布错误比特定分布错误对关系推断的影响更大。
研究结论和讨论部分意义重大。该研究首次证明转录组可作为法医调查遗传谱系的有力工具，转录组测序结合基因型推算，为家族关系推断提供了足够的 SNP 覆盖。同时，质量阈值有效降低了基因分型错误，使剩余错误对关系推断的影响微乎其微。这一成果为法医遗传学开辟了新方向，未来研究可聚焦于不同来源样本的转录组，如骨骼、组织、精液等，进一步挖掘 RNA 在 FIGG 中的潜力，让转录组在法医领域发挥更大的价值，助力更多复杂案件的侦破。
