计算人类细胞色素 P450 超家族突变的致病性:解析致病机制,助力疾病预测模型构建

【字体: 时间:2025年05月12日 来源:Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics 2.5

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  细胞色素 P450(CYPs)突变影响药物代谢等生理功能。研究人员为探究其突变致病性,分析 26 种 CYPs 的 2594151 个突变。结果发现非致病性突变更稳定等。该研究为构建疾病预测模型奠定基础。

  
在人体的生命活动中,肝脏就像一座繁忙的 “化学工厂”,而细胞色素 P450(Cytochrome P450,CYP 或 CYP450)超家族则是工厂里的关键 “工人”。这一族群包含 57 种酶,它们每天都在兢兢业业地工作,负责代谢各种物质,无论是身体自己产生的类固醇、脂肪酸、维生素,还是外来的药物、毒素,都在它们的 “工作范畴” 内 。

然而,这些 “工人” 偶尔也会 “罢工” 或者 “捣乱”。当 CYP 基因发生突变时,就如同工厂里的生产线出现故障,药物代谢会受到影响,疾病风险也会改变,其他生理功能同样无法正常运转。例如,CYP1、CYP2 和 CYP3 家族的酶参与代谢约 80% 临床处方药物,其中 CYP2D6 负责约 20%,CYP3A4 和 CYP3A5 共同代谢 30%。一旦这些酶的基因发生突变,药物在体内的代谢过程就会大乱套,要么代谢过慢,导致药物在体内堆积产生副作用;要么代谢过快,药效大打折扣。像 CYP1A2 突变,可能让咖啡因代谢变慢,使人更容易出现焦虑、心悸等症状;而某些突变又会让咖啡因代谢加速,喝咖啡变得 “没效果”。CYP2D6 突变则会影响阿片类药物、抗精神病药和抗抑郁药等的代谢,可能导致药物浓度过高产生毒性,或者浓度过低达不到治疗效果。

不仅如此,单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)在人群中不断积累,引发蛋白质突变。虽然大部分突变没什么危害,但总有一些 “调皮” 的突变会损害蛋白质功能。就拿 CYP3A4 来说,它承担着约 50% 市售药物的代谢重任,是主要的药物代谢酶,可奇怪的是,目前已知的致病性突变却只有一个。这或许是因为它的 “工作” 太重要,哪怕一点点改变都可能让它 “罢工”。

面对这些问题,来自国内的研究人员决定深入探索。他们的研究成果发表在《Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics》杂志上 。研究人员希望弄清楚突变究竟是如何导致致病性的,以及这些突变对蛋白质化学性质有哪些影响。

为了开展研究,研究人员从 UniProt 数据库收集了所有人类 CYPs 错义遗传变异的详细数据,并根据注释将它们分为致病性(致病)和非致病性(非致病)两类。在研究过程中,主要用到了基于结构的方法和基于序列的方法 。基于结构的方法通过比较突变组之间的平均效应,利用 ANOVA 检验(p 值 < 0.05)来确认蛋白质折叠稳定性的影响;基于序列的方法则从氨基酸序列角度分析突变带来的变化。

下面我们来看看具体的研究结果:

  • 稳定性模式:研究人员分析了 26 种 CYP 结构中的 2594151 个突变,发现了一个很有意思的稳定性模式:非致病性突变的稳定性 > 所有突变的稳定性 > 致病性突变的稳定性。这就好比非致病性突变是 “乖孩子”,能让蛋白质结构更稳定;而致病性突变则是 “调皮鬼”,会破坏蛋白质的稳定结构。
  • 突变位置:致病性突变大多藏在 CYP 结构内部,这表明它们 “捣乱” 的潜力更大,更容易引发疾病。
  • 氨基酸性质:研究还找出了受突变影响的三个关键氨基酸性质:吉布斯自由能、等电点和体积。而且,致病性突变会显著减少带正电残基的含量,尤其是精氨酸突变,这直接影响了等电点。
  • 保守位点与疾病关系:研究结果显示,致病性突变更有可能发生在保守位点上,这些位点一旦被 “破坏”,CYP 的正常功能就会被打乱。
  • 血红素位点突变:在血红素位点,致病性突变出现的频率更高,并且主要涉及精氨酸。这可能会干扰精氨酸 - 血红素之间的相互作用。通过分子对接技术,研究人员还发现野生型和致病性 CYPs 与血红素的结合存在差异。

从研究结论来看,这次研究意义非凡。它全面地分析了多个 CYP 突变的影响,为 CYP 相关致病性建立了化学基础模型,这就像是为研究 CYP 打开了一扇新的大门,让我们对 CYP 突变致病机制有了更深入的了解。而且,它还为开发半定量疾病预测模型提供了方向,以后或许能通过这个模型提前预测疾病风险,在临床应用上大显身手,帮助医生更好地制定治疗方案,提高患者的治疗效果,为人类健康保驾护航。

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