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为探究 SARS-CoV-2 在大学校园宿舍的传播情况，研究人员分析 4418 个 SARS-CoV-2 基因组。结果显示，宿舍内传播多在同套房学生间，且多数传播簇短寿。该研究为疫情下校园防控提供依据。
新冠疫情给人们的生活带来了巨大冲击，其中聚集性生活场景下的病毒传播问题尤为棘手。大学校园人员密集，宿舍作为学生主要的居住场所，曾多次出现 SARS-CoV-2 的传播事件，引发大规模疫情的风险较高。在 2020 - 2021 年新冠疫情初期，许多大学为避免爆发大规模感染，不得不转向远程教学。然而，长期的远程教学给学生的学习和生活带来诸多不便。因此，如何在保障学生安全的前提下，让他们重返校园正常学习生活，成为亟待解决的问题。
2021 年末，加州大学圣地亚哥分校（University of California San Diego，UC San Diego）实施了全面的防控策略，包括综合检测、疫苗接种、佩戴口罩、污水监测和隔离政策等，为学生重返校园创造条件。在此背景下，来自 UC San Diego 等机构的研究人员开展了一项研究，旨在深入了解这些防控策略下 SARS-CoV-2 在校园宿舍的传播情况，该研究成果发表在《eBioMedicine》上。
研究人员采用了多种关键技术方法。首先是基因组测序技术，对 2021 年 12 月 15 日至 2022 年 9 月 2 日期间 UC San Diego 本科和研究生中 SARS-CoV-2 检测呈阳性的学生进行病毒基因组测序，获取高质量的病毒基因组数据。其次运用了系统发育分析和 phylogeographic 分析，通过这些分析手段来探究病毒的传播动态和地理分布特征，从而确定病毒在校园宿舍内的传播模式和范围 。
研究结果如下：
- 基因组测序：在记录的 7597 例大学生 SARS-CoV-2 感染病例中，4418 例（58.1%）进行了病毒基因组测序，其中校园内居住的学生占总病例数的 48.0%。在有校园居住信息的学生中，87.6% 的高质量病毒基因组被确定为 Omicron 变异株，为研究提供了充足样本。
- 传播网络分析：通过系统发育分析发现，同套房学生中基因相关病毒对的数量显著高于随机预期，同楼层和同栋楼学生中也有类似趋势，但多数同栋楼学生的基因关联受所属住宿学院的影响。此外，排除套房和楼层关联后，同栋楼学生中基因关联的比例较低，且多数关联的可信度不高。
- 基因关联分析：对同楼层和同栋楼学生感染情况分析表明，多数同栋楼但不同楼层或套房的感染学生病毒基因差异较大；同楼层不同套房学生感染情况类似，且经估算仅有少数学生可能参与楼层或楼内传播事件。而套房内同时感染的学生中，虽多数基因关联可信度高，但仍有四分之一的学生病毒基因差异大，且基因不关联的套房学生感染在社区发病率高时更易出现。
- 病毒地理分布分析：通过 phylogeographic 分析，在校园宿舍建筑内推断出 63 个独特的传播簇，涉及 155 名学生（占记录居住建筑学生的 9.7%），多数传播簇局限于单个套房，且持续时间较短。此外，仅有 6.6% 的感染归因于套房内传播，3.1% 归因于同楼层或同栋楼传播。
- 非宿舍病毒传播：大量病例与校园宿舍无关，研究发现一次大学主办的活动与一个 BA.2.12.1 谱系的大型进化枝相关，参加活动的学生感染比例较高，表明该活动可能是病毒传播的重要因素。
研究结论和讨论部分指出，尽管 UC San Diego 的 “Return-to-Learn” 计划实施了多项防控措施，但在 Omicron 变异株流行期间，校园宿舍内仍存在 SARS-CoV-2 传播。不过，传播主要集中在同套房学生之间，而非整栋楼的聚集性传播，这表明防控策略在一定程度上有效阻止了病毒在宿舍内的持续传播。同时，研究还发现分子流行病学和基因组监测对于准确判断病毒传播动态至关重要，仅依靠病例数和流行病学关联不足以揭示潜在传播机制。此外，社交活动可能是学生群体中病毒传播的重要驱动因素。虽然该研究存在数据不完整、基因组相似性导致难以区分传播伙伴等局限性，但它为疫情期间校园及其他聚集性生活场景的防控策略制定提供了重要参考，有助于更科学地应对传染病流行，保障公众健康。
