质谱查询语言(MassQL):开启非靶向质谱数据深度挖掘的通用钥匙

【字体: 时间:2025年05月13日 来源:Nature Methods 36.1

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  质谱数据虽蕴含丰富信息,但现有工具的局限导致大量非靶向数据未被充分利用。研究人员开发出开源质谱查询语言(MassQL),通过仪器无关的语法化查询,无需编程即可精准定位复杂质谱模式。该语言已整合至多款开源/商业工具,显著提升质谱数据的可挖掘性、互操作性与重现性,为跨学科研究提供全新数据驱动范式。

  

质谱领域迎来革命性工具——质谱查询语言(Mass Spectrometry Query Language, MassQL)。这种开源语言如同给质谱数据装上智能搜索引擎,研究者只需输入简洁的语法化指令,就能在全谱范围内猎取特定离子碎片模式、中性丢失特征等复杂质谱指纹,完全摆脱对编程技能的依赖。

其创新性在于突破仪器厂商的藩篱,建立通用查询标准。无论是LC-MSn还是DIA/SWATH数据,MassQL都能像"质谱语法翻译器"般实现跨平台解析。典型案例显示,该工具能系统性挖掘公共代谢组学数据库中的化学多样性,甚至捕捉到传统软件遗漏的稀有代谢物特征。

目前MassQL生态圈已覆盖主流开源工具(如GNPS)和商业软件,研究者可像使用SQL查询数据库那样,用"SELECT mz=121.028@MS2 WHERE MS1=459.156"这类直观语法,实现从碎片离子反推母离子、追踪代谢通路等高级分析。这种标准化查询体系极大提升了数据复用的科研价值,让沉睡在硬盘中的原始质谱文件焕发新生。

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