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为探究尤因肉瘤（EwS）发病机制并提升治疗效果，研究人员针对 RNA 结合蛋白（RBPs）展开研究。通过分析筛选出枢纽基因 NOP58，发现其高表达与患者预后不良相关，敲低 NOP58 可抑制 EwS 细胞增殖迁移，为 EwS 治疗提供新靶点。
尤因肉瘤（EwS）是一种好发于儿童和青少年的恶性骨肿瘤，具有侵袭性强、易转移、预后差等特点。目前， EwS 的治疗主要依赖化疗、手术和放疗的多模式联合，但缺乏 FDA 批准的分子靶向药物和免疫疗法，且患者对治疗的反应差异较大，因此深入探究其发病机制、寻找新的治疗靶点至关重要。RNA 结合蛋白（RBPs）在基因表达调控中发挥关键作用，其异常表达与多种肿瘤的发生发展密切相关，但在 EwS 中，除 EWS 或 EWSR1 外，其他 RBPs 的研究有限。在此背景下，天津医科大学总医院等机构的研究人员开展了相关研究，旨在筛选与 EwS 预后和治疗相关的关键 RBP 基因，该研究成果发表在《Hereditas》。
研究人员从 GEO 数据库下载了多个 EwS 相关数据集，通过差异基因表达分析筛选出 179 个在 EwS 组织和正常对照中显著差异表达的 RBP 相关基因。利用 STRING 数据库构建蛋白 - 蛋白相互作用（PPI）网络，并结合 Cytoscape 软件和 cytoHubba 插件基于最大邻域成分（MNC）算法筛选枢纽基因，同时通过单变量 COX 回归分析筛选预后相关基因，最终确定 NOP58 为关键枢纽基因。
关键技术方法
研究采用了多种技术方法：通过 GEO 数据库获取基因表达数据，运用 limma 包进行差异基因分析；利用 clusterProfiler 包进行 GO 和 KEGG 富集分析；借助 STRING 和 Cytoscape 构建并分析 PPI 网络；使用 CIBERSORT 和 xCell 分析免疫细胞浸润；通过 Kaplan - Meier 法和时间依赖 ROC 曲线进行生存分析；开展细胞培养、免疫荧光染色、Western blot、qRT - PCR、CCK - 8、Transwell 迁移、伤口愈合、流式细胞术等体外实验；进行动物荷瘤实验验证 NOP58 在体内的作用。样本队列来源于 GEO 数据库中的多个数据集及细胞株。
研究结果
异常表达的 RBP 基因及功能
在 GSE45544 和 GSE17674 数据集中共筛选出 179 个差异表达的 RBP 基因，其中 175 个上调、4 个下调。GO 和 KEGG 富集分析显示，这些基因富集于剪接体、核糖体生物发生、mRNA 监测通路等。
关键基因 NOP58 的筛选与验证
通过 PPI 网络分析和单变量 COX 回归分析，确定 NOP58 为关键基因。多个数据集和细胞实验表明，NOP58 在 EwS 组织和细胞中显著高表达，其高表达与 EwS 患者预后不良相关，且是独立预后因子。
免疫景观分析
CIBERSORT 和 xCell 分析显示，高 NOP58 表达组中 M2 巨噬细胞浸润减少，活化肥大细胞、CD4 记忆 T 细胞等浸润增加，且 PDCD1 表达升高，低 NOP58 组的基质、免疫和 ESTIMATE 评分更高。
信号通路分析
GSEA 分析表明，高 NOP58 组中细胞因子 - 细胞因子受体相互作用、JAK-STAT、MAPK、NF-κB 和 NOD 样受体信号通路显著激活。
体外和体内功能验证
敲低 NOP58 可显著抑制 EwS 细胞的增殖、迁移，诱导细胞凋亡和细胞周期停滞（G0/G1 期阻滞）。动物实验显示，NOP58 敲低可抑制荷瘤小鼠的肿瘤生长。
研究结论与讨论
本研究通过生物信息学分析和实验验证，发现 RNA 结合蛋白基因 NOP58 在 EwS 中显著高表达，其高表达与患者预后不良密切相关，敲低 NOP58 可在体外和体内抑制 EwS 细胞的恶性行为。机制上，NOP58 可能通过激活 JAK-STAT、MAPK 等信号通路促进肿瘤进展，并影响肿瘤免疫微环境。该研究首次揭示了 NOP58 在 EwS 中的关键作用，为 EwS 的预后评估和治疗提供了新的靶点和思路。未来需进一步验证 NOP58 的作用机制，并探索其在液体活检和靶向治疗中的应用潜力。
