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本研究针对秘鲁 2018-2019 年疑似百日咳患者鼻咽拭子，通过直接桑格测序分析疫苗抗原基因（ptxP、ptxA、fim3、prn）分型。发现基因型 VI（ptxP3-ptxA1-fim3-1-prn2）占比 96.8%，为防控提供关键数据，助力优化疫苗策略与监测体系。
研究背景与目的
百日咳由百日咳鲍特菌（Bordetella pertussis）引起，虽广泛接种疫苗，但其仍在全球引发婴幼儿严重疫情。疫苗抗原基因变异可能是疫情反复的原因，而传统基于培养的分型方法限制了对基因型的认知，尤其在发展中国家。本研究旨在通过鼻咽拭子直接桑格测序，分析秘鲁 2018-2019 年百日咳鲍特菌疫苗抗原基因（ptxP、ptxA、fim3、prn）的基因型变异，为防控提供依据。
材料与方法
临床样本
回顾性分析 2018-2019 年秘鲁全国疑似百日咳患者鼻咽拭子 DNA 样本，经多重定量 PCR（qPCR）确认阳性后，选取 96 份 CT 值 < 30 的样本（确保高细菌载量）进行研究。
实验方法
采用优化的降落 PCR（Touchdown PCR）扩增 ptxP、ptxA、fim3 基因，常规 PCR 扩增 prn 基因，产物纯化后进行双向桑格测序。利用 Geneious Prime 软件分析序列，与参考菌株 Tohama I 比对，确定等位基因变异及基因型（参照 van Gent 等的命名法）。
结果
基因扩增与测序成功率
ptxP、ptxA、fim3、prn 基因的 PCR 测序成功率分别为 86%（83/96）、100%（96/96）、75%（72/96）、68%（65/96）。
等位基因与基因型分布
- ptxP3在 83 份阳性样本中占 100%，ptxA1在 96 份样本中占 100%，fim3-1占 97.3%（70/72），fim3-2占 2.7%（2/72），prn2在 65 份样本中占 100%。
- 63 份样本获得完整等位基因谱，其中基因型 VI（ptxP3-ptxA1-fim3-1-prn2）占 96.8%，主要分布于利马（29.5%）、亚马逊（13.1%）、卡亚俄（11.5%）、拉利伯塔德（11.5%）；基因型 VII（ptxP3-ptxA1-fim3-2-prn2）占 3.2%，仅在利马和卡亚俄发现。
临床与流行病学特征
基因型 VI 在 <2 月龄婴儿中占比 49.2%（30/61），住院率 76.5%；基因型 VII 的 2 例样本均住院。性别、年龄、地域分布等与基因型无统计学关联（P 均> 0.05）。
讨论
基因型 VI 的优势与传播潜力
ptxP3 等位基因与高毒素产生、强传播力相关，其全球广泛分布可能与其竞争优势有关。秘鲁以全细胞疫苗（WCV）为主，但 prn2 等位基因仍占主导，提示其可能通过非疫苗选择压力扩散。fim3-1 的优势与 WCV 使用一致，但 fim3-2 的出现需关注疫苗株抗原匹配性。
与全球趋势的异同
秘鲁基因型 VI 的流行与多国（如美国、日本、中国等）一致，表明其传播可能不受疫苗类型限制。而基因型 VII 的低频存在可能与局部变异或输入性病例相关。
研究局限与展望
样本储存可能影响 DNA 质量，且以医院为基础的采样可能低估社区感染。未来需扩大样本量，结合全基因组测序，进一步明确基因型与致病性的关联，为疫苗更新和监测策略提供更全面的数据。
结论
本研究通过无培养分型法揭示秘鲁百日咳鲍特菌以基因型 VI（ptxP3-ptxA1-fim3-1-prn2）为主，提示其可能具有高传播和致病潜力。研究结果为秘鲁百日咳监测与防控提供了关键遗传数据，强调持续开展病原基因监测以优化公共卫生应对措施的重要性。
