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为探究蛋白结构域互作时折叠转换机制，研究人员利用交换核磁共振（NMR）对细菌转录调控因子 RfaH 的 C 端结构域（CTD）展开研究。发现除主要的 β-roll 构象（状态 A）外，还存在 A′、B、B′、B″四种状态，其中三种为折叠转换中间体，为解析折叠机制提供新视角。
细菌转录调控因子 RfaH 包含结构与功能不同的 N 端结构域（NTD）和 C 端结构域（CTD）。后者在被 RNA 聚合酶置换时，会从与 NTD 结合的螺旋发夹结构转换为五链 β-roll 结构。本研究利用基于交换的核磁共振技术，探究分离的 CTD 采样到的慢（亚秒级）和快（亚毫秒至毫秒级）结构转变。除主要的（约 76%-77%）、半稳定 β-roll 构象（状态 A）外，还鉴定出四种结构和动力学不同的状态：A′、B、B′和 B″。状态 B 的 NMR 可观测占有率约为 23%，与主要的 A 状态缓慢交换（τex约 300 ms），由大量未折叠的 ensemble 组成，具有螺旋（α5*）和 β- 发夹（β1*/β2*）元件的瞬时占有率。使用 CS-ROSETTA 程序基于 backbone 化学位移的结构预测表明，B 状态内的两个瞬时结构元件可能相互作用形成半紧凑结构。A′（约 0.35%）是与状态 A 快速交换（τex约 1 ms）的非路径状态，可能涉及 β1/β2 环的轻微局部构象变化。状态 B′（约 0.3%）与状态 B 快速交换（τex约 1.2 ms），在 α5 * 区域表现出相对于 B 的下场15N backbone 位移，表明螺旋度降低。最后，状态 B″（约 0.05%）与 B′（线性模型）或 B（分支模型）快速交换（τex约 0.8-1 ms），与状态 B 和 B′的绝对15N 化学位移存在显著差异，可能代表折叠转换路径上螺旋度增加的进一步中间体。
