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基于核衣壳抗体轨迹聚类识别未检出的SARS-CoV-2感染:英国大规模社区队列研究
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年05月15日 来源:Nature Communications 14.7
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本研究通过分析英国COVID-19感染调查中185,646名参与者的纵向核衣壳(N)抗体数据,结合鼻咽拭子PCR检测结果,创新性地采用K-means聚类方法识别抗体轨迹模式。研究发现7.4%的真实感染被两种方法同时漏诊,25.8%仅通过拭子检测漏诊,28.6%仅通过抗体检测漏诊。研究证实四倍增长法或轨迹分析法能优化血清学监测,为完善疫情监测体系提供重要依据。
在全球COVID-19大流行中,尽管已报告7.76亿例SARS-CoV-2感染,但实际感染人数被严重低估。核酸检测因采样时机、病毒载量等因素存在漏检,而基于核衣壳蛋白(N)抗体的血清学检测虽能弥补这一缺陷,却受限于抗体应答的个体差异和检测阈值设定。如何准确评估两种方法的检测效能,量化未检出感染规模,成为完善疫情监测的关键科学问题。
英国牛津大学等机构的研究团队利用全国家庭调查数据,创新性地开发了抗体轨迹聚类分析方法。这项发表在《Nature Communications》的研究,通过分析27万参与者的纵向数据,首次系统评估了核酸检测与血清学检测的协同作用,为精准估算疫情负担提供了新方法学范式。
研究团队主要采用三项关键技术:1) 纵向K-means聚类算法分析≥4次N抗体测量值的时间序列特征;2) 多源数据整合(包括社区定期拭子检测、国家检测程序数据和自我报告);3) 方法依赖性捕获-再捕获模型估算真实感染规模。研究对象来自英国COVID-19感染调查(2021.2-2022.1),包含270,686名提供血样的参与者,中位年龄55岁,女性占54.2%。
通过动态时间规整算法对99,871名参与者的抗体轨迹进行聚类分析,最终识别出四类生物学相关模式:平坦型(无感染证据)、下降型(研究前感染)、上升型(研究期间感染)及先降后升型(重复感染)。轨迹分类与拭子检测结果总体吻合率达86.2%,其中61.5%的抗体推定感染日期与最近拭子阳性日期相差≤15天。值得注意的是,28.6%的拭子阳性感染未显示抗体应答,而25.8%的抗体阳性者无拭子检测记录。
采用捕获-再捕获模型估算,在185,646名≥4次检测的参与者中,7.4%(95%CI:7.0-7.8%)的真实感染被两种方法同时漏诊。分层分析显示,未接种疫苗者漏诊率最低(4.8%),而接种3-4剂者达10.9%;Alpha变异株流行期漏诊率最高(59.7%),Delta和BA.1时期分别为5.8%和7.4%。敏感性分析表明,采用固定阈值(30 ng/mL)会高估感染规模11.6%,而四倍增长法与轨迹分析法结果最为接近。
多变量逻辑回归揭示:30-60岁年龄增长(OR递减)、非白人种族(OR=0.82)、较低疫苗接种频次/间隔时间、Ct值>30时的较高数值(OR递增)、无症状感染(OR=1.32)以及BA.1变异株感染(vs Delta,OR=1.45)显著增加抗体无应答风险。这提示病毒载量、宿主免疫状态和病毒特性共同影响抗体应答强度。
仅依赖社区月度拭子检测时,69.1-77.6%的抗体推定感染未被识别。整合国家检测程序数据后,检出率提升最显著(+89%)。自我报告"认为感染过COVID-19"的补充价值有限,仅轻微提高识别率。
这项研究通过创新性的抗体轨迹聚类技术,首次量化评估了血清学与核酸检测的协同价值。主要结论包括:1)单一检测方法会遗漏18-29%的真实感染;2)四倍增长法或轨迹分析法优于固定阈值;3)多源数据整合可显著提升监测灵敏度;4)抗体应答受多因素调控,BA.1变异株的逃逸能力值得关注。
该研究的核心价值在于建立了"双轨制"感染监测新范式,为精准评估疫情传播规模、优化监测策略提供了方法论基础。特别是开发的纵向抗体轨迹分析方法,克服了传统血清学检测的阈值依赖性问题,对其它传染病免疫应答研究也具有借鉴意义。研究结果直接指出:在疫苗接种普及的背景下,单纯依赖核酸检测或固定抗体阈值都会严重低估感染负担,而整合多维度监测数据将成为未来疫情预警的发展方向。
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