基于机器学习构建糖酵解和脂肪酸代谢相关预后模型并鉴定 ACSL5 为抑制乳腺癌增殖的新型标志物

【字体: 时间:2025年05月16日 来源:Computational Biology and Chemistry 2.6

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  为探究糖酵解与脂肪酸代谢(GF)对乳腺癌免疫微环境的影响及其预测价值,研究人员基于多中心数据,用 10 种机器学习算法构建 GF 相关预后模型 GFSscore。发现高 GFSscore 患者预后差,ACSL5 可抑制乳腺癌增殖,为个体化治疗提供新方向。

  乳腺癌作为全球最常见癌症,其异质性导致治疗挑战与预后差异。代谢重编程作为癌症重要特征,其中糖酵解(如瓦博格效应 Warburg effect)和脂肪酸代谢(FAM)不仅支撑肿瘤生长,还通过塑造免疫微环境影响免疫治疗效果。然而,乳腺癌中代谢模式与免疫细胞互作机制尚不明确,且现有免疫治疗对乳腺癌响应率较低,亟需结合代谢特征的预后标志物指导精准治疗。在此背景下,国内研究团队开展相关研究,成果发表于《Computational Biology and Chemistry》,为乳腺癌代谢 - 免疫调控机制及个体化治疗提供了新视角。
研究人员整合多中心数据,运用 10 种机器学习算法,结合糖酵解与脂肪酸代谢相关基因,构建了 GF 相关预后模型 GFSscore。研究涉及的关键技术包括:从 MSigDB 获取 602 个 GF 相关基因,利用 TCGA、GEO、METABRIC 等多数据库的乳腺癌基因组、转录组及临床数据,通过单变量 Cox 回归分析筛选跨数据集重叠的预后基因,结合机器学习算法构建 GFSscore 模型,并借助单细胞测序数据(GSE161529)解析代谢异质性。

结果


  • GFSscore 的构建与验证:通过对 GSE20685、GSE21653、GSE42568 数据集的分析,筛选出 10 个跨数据集重叠的 GF 相关预后基因,基于机器学习构建 GFSscore 模型。经多数据库验证,该模型在乳腺癌中具有独立预后价值,且鲁棒性优于其他模型。
  • GFSscore 与临床特征及免疫微环境的关联:高 GFSscore 提示糖酵解活性主导,患者预后较差,与免疫逃逸机制导致的免疫抑制相关;低 GFSscore 则倾向脂肪酸代谢,预后较好。此外,GFSscore 可预测患者对免疫治疗的响应及化疗药物敏感性。
  • ACSL5 的功能验证:实验表明,过表达的 ACSL5 基因可抑制乳腺癌(BRCA)细胞增殖,促进其凋亡,提示 ACSL5 可能成为乳腺癌治疗的新靶点。

结论与讨论


本研究首次构建了基于糖酵解和脂肪酸代谢的乳腺癌预后模型 GFSscore,揭示了代谢模式与免疫微环境的关联。GFSscore 作为独立预后指标,有望指导乳腺癌患者的个体化治疗,包括预测免疫治疗响应和化疗敏感性。ACSL5 作为新发现的抑制乳腺癌增殖的靶点,为开发靶向代谢通路的治疗策略提供了实验依据。研究整合多组学数据与机器学习方法,系统解析了乳腺癌代谢异质性,为深入理解肿瘤代谢 - 免疫互作机制奠定了基础,也为乳腺癌精准医疗提供了兼具科学性与临床转化潜力的新工具。

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