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三阴性乳腺癌（TNBC）因高复发和转移率亟需新疗法。本研究聚焦组蛋白分子伴侣 ANP32E，发现其与 MYC 共表达加剧基因组不稳定，通过 H2A.Z 周转异常诱导 R 环和转录复制冲突（TRCs），激活 ATR 依赖的 DNA 损伤反应（DDR）。抑制 ATR 可显著抑制肿瘤生长和转移，为 TNBC 治疗提供新策略。
三阴性乳腺癌（TNBC）作为乳腺癌中恶性程度最高的亚型，因其缺乏激素受体和 HER2 表达、高异质性及易转移的特性，一直是临床治疗的难点。当前，TNBC 患者面临着复发率高、治疗手段有限的困境，尤其是化疗耐药和转移灶治疗效果差的问题亟待解决。基因组不稳定被认为是 TNBC 进展的关键驱动因素，其中转录 - 复制冲突（TRCs）和 R 环（DNA:RNA 杂交链）的异常积累与肿瘤细胞的生存及治疗抵抗密切相关。然而，调控这些过程的具体染色质机制尚不明确，寻找针对 TNBC 基因组不稳定的治疗靶点成为重要研究方向。
意大利特伦托大学（University of Trento）的研究团队开展了相关研究，旨在揭示染色质调控因子在 TNBC 基因组不稳定中的作用，并探索潜在的治疗策略。研究发现，组蛋白分子伴侣 ANP32E 通过促进 H2A.Z 组蛋白变体的异常周转，加剧 TRCs 和 R 环积累，进而激活 ATR 依赖的 DNA 损伤反应（DDR），使肿瘤细胞对 ATR 抑制剂敏感。该研究成果发表在《Nature Communications》，为 TNBC 的精准治疗提供了新的理论依据和药物靶点。
研究主要采用了以下关键技术方法：
- 临床样本分析：整合 TCGA、METABRIC 等公共数据库，分析 TNBC 患者中 ANP32E 与 MYC 的表达相关性及其与基因组不稳定的关联。
- 细胞模型构建：通过稳定转染技术构建 ANP32E 过表达和敲低的 TNBC 细胞系（如 tIMEC-A、MDA-MB-231sh），并利用 RNaseH1 过表达细胞系解析 R 环的作用。
- 基因组与表观组技术：运用 DRIP-seq（DNA:RNA 免疫沉淀测序）、CUT&RUN（靶向染色质切割富集测序）、ATAC-seq（染色质可及性测序）等技术，分析 R 环分布、组蛋白修饰及染色质结构变化。
- 体内外功能验证：通过小鼠原位移植瘤模型验证 ANP32E 对肿瘤生长和转移的影响，以及 ATR 抑制剂 VE822 的治疗效果。
研究结果
1. ANP32E 与 MYC 共表达驱动 TNBC 基因组不稳定
通过分析公共数据集，发现 ANP32E 在 MYC 异常激活的基底样 TNBC 患者中显著高表达，且两者共表达与基因组改变分数（FGA）升高、预后不良显著相关。时序分析显示，ANP32E 所在的 1q21 染色体区域扩增是早期致癌事件，早于 MYC 扩增。进一步研究表明，ANP32E 过表达与 DDR 通路（如 Fanconi 贫血通路）基因激活相关，提示其通过增强 DNA 损伤反应维持肿瘤细胞生存。
2. ANP32E 通过 H2A.Z 周转诱导 R 环依赖的 TRCs
机制研究发现，ANP32E 作为 H2A.Z 特异性分子伴侣，通过与 P400 复合物协同作用，促进 H2A.Z 从染色质上的移除，导致启动子附近 RNA 聚合酶 II（RNApol II）停滞，形成长 R 环结构。DRIP-seq 显示，ANP32E 过表达细胞中 R 环峰数量和长度显著增加，且 R 环积累与 TRCs 标记物 pS2RNApol II 和 PCNA 的共定位增强。抑制 R 环（如 RNaseH1 过表达）可逆转 TRCs 和 DNA 损伤标记物（如 γH2A.X、pRPA32）的积累，证实 R 环在 ANP32E 介导的基因组不稳定中的核心作用。
3. ANP32E 激活 ATR 依赖的 DDR 并诱导治疗 vulnerability
ANP32E 过表达细胞中，ATR 依赖的 DDR 显著激活，表现为 pRPA32 和 53BP1 焦点增加。ATR 抑制剂 VE822 处理显著增强 ANP32E 过表达细胞的 DNA 双链断裂（DSBs）和微核形成，尤其是无着丝粒微核（提示未修复的 DSBs）。体内实验表明，VE822 可显著抑制 ANP32E 过表达肿瘤的生长和转移，减少微转移灶形成，且与肿瘤细胞分化程度提高、增殖指数降低相关。
4. ANP32E 调控染色质动态与转录 - 复制动力学
ATAC-seq 和 DNA 纤维分析显示，ANP32E 过表达导致核小体占据率降低、复制叉速度减慢及多起点复制增加，表明其通过破坏染色质稳定性干扰转录和复制动力学。H2A.Z 缺失区域与 R 环延长、RNApol II 停滞高度重叠，进一步支持 ANP32E 通过表观遗传机制驱动 TRCs 的模型。
结论与讨论
本研究揭示了 ANP32E 在 TNBC 中的双重作用：作为染色质调控因子，通过异常的 H2A.Z 周转诱导 R 环依赖的 TRCs 和基因组不稳定；同时激活 ATR-DDR 通路，使肿瘤细胞依赖该修复机制存活。这一发现不仅阐明了 TNBC 基因组不稳定的新机制，还提出 ANP32E 可作为预测 ATR 抑制剂疗效的生物标志物。临床前模型显示，抑制 ATR 可有效遏制 ANP32E 过表达肿瘤的进展，为 TNBC 患者，尤其是 MYC-ANP32E 共激活的亚型，提供了靶向 DDR 的治疗策略。未来研究可进一步探索 ANP32E 与其他染色质因子的互作网络，并推动 ATR 抑制剂在 TNBC 中的临床转化，有望突破当前治疗瓶颈。
