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鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）是重要的医院感染病原菌，本研究通过对 79 株临床分离株进行全基因组及体外实验分析，揭示其基因组多样性、耐药性、噬菌体敏感性及 CRISPR-Cas 系统特征，为感染控制和治疗策略提供新方向。
鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）是一种导致医院感染的重要机会致病菌，因其高度抗生素耐药性和在医院环境中的强生存能力，被世界卫生组织列为急需开发新疗法的重点病原体。本研究对来自不同地区的 79 株鲍曼不动杆菌临床分离株开展了全面的计算机模拟（in silico）和体外（in vitro）分析，旨在揭示其基因组、流行病学特征及对抗生素和噬菌体的敏感性。
基因组多样性与克隆分布
通过平均核苷酸同一性（ANI）热图、多位点序列分型（MLST）和核心基因组 MLST（cgMLST）分析，发现分离株存在显著基因组多样性。研究鉴定出多个具有高耐药性和全球流行特征的国际克隆，如克隆复合体 CC1（包含 ST1、ST81）、CC2（包含 ST2、ST47）和 CC15（包含 ST15、ST238）。其中，ST1 和 ST2 是最主要的序列类型，分别属于 CC1 和 CC2，与碳青霉烯耐药的高危菌株相关。CC15 则在南美洲有流行报道。系统发育分析显示，同一序列类型的分离株在进化历程上存在差异，提示其传播可能与地理分布相关。
抗生素耐药性特征
体外药敏试验显示，79 株分离株对 17 种临床常用抗生素的耐药性差异显著。氨苄西林 - 舒巴坦和米诺环素效果最佳，分别对 70 株和 62 株敏感；而哌拉西林和复方磺胺甲恶唑耐药率较高，仅 21 株和 25 株敏感。部分序列类型如 ST1、ST2、ST15 等表现出多重耐药性，其中 ST2 与感染爆发和高死亡率相关。计算机模拟分析抗菌药物耐药基因（ARG）发现，平均每株分离株携带 5.0±2.7 个 ARG，头孢菌素酶编码基因blaADC-25在 78 株中存在，但 ARG 数量与体外耐药表型无显著统计学关联。
噬菌体敏感性与荚膜基因座
利用 13 株噬菌体进行宿主范围测定，发现鲍曼不动杆菌噬菌体宿主范围狭窄，每个噬菌体仅能感染 1-16 株分离株。荚膜基因座（KL）分型显示，75 株分离株可明确分型，KL1、KL49、KL19 等为主要类型。噬菌体敏感性与 KL 类型存在相关性，同一 KL 类型的分离株可能对相同噬菌体敏感，但部分 KL 组内分离株因携带独特抗病毒防御系统（如 PD-Lambda-2、cbass_type_II）而表现出耐药差异。研究表明，KL 可作为噬菌体 - 细菌相互作用的良好预测指标，但需结合胞内防御系统综合分析。
CRISPR-Cas 系统及其功能
29 株分离株（36.7%）携带 CRISPR-Cas 系统，主要为 I-F1（18 株）和 I-F2（11 株）亚型，且与特定序列类型相关（如 I-F1 与 CC1 关联）。CRISPR 间隔序列（spacer）分析显示，50.7% 的间隔序列靶向鲍曼不动杆菌前噬菌体（90.6%），其次为质粒（8.1%）和少量噬菌体（1.3%）。值得注意的是，携带 CRISPR-Cas 系统的分离株中 ARG 数量显著更高，这一现象与传统认为 CRISPR 系统抑制水平基因转移的观点相悖，提示其作用机制可能受其他因素（如抗 CRISPR 蛋白）调控。
结论与意义
本研究构建了高特征性的鲍曼不动杆菌临床分离株资源库，揭示了其基因组多样性、耐药性及噬菌体互作机制。CRISPR-Cas 系统主要靶向前噬菌体，可能在维持基因组稳定性和噬菌体 - 细菌共进化中发挥作用。荚膜类型与噬菌体敏感性的关联为噬菌体疗法提供了潜在靶点，但需综合考虑防御系统的影响。未来研究需进一步探索非临床样本的种群结构及噬菌体感染的分子机制，以开发针对该病原菌的新型治疗策略。
