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为探究古北界石鸡属（Alectoris）的进化历史、隐存物种及扩散模式，研究人员分析其线粒体 D-loop 和 Cyt-b 序列。发现地中海盆地是起源地，中国为次级分化中心，更新世气候充当 “物种泵”，人类活动成关键演化驱动力。成果为鸟类保护提供分子证据。
石鸡属（Alectoris）作为古北界分布广泛的陆栖鸟类，其进化历程长期受复杂地理格局与气候波动影响。当前，该类群因形态差异细微导致分类混乱，且人类活动（如引种、栖息地破坏）对其遗传结构的影响尚不明确。此外，古北界东部（如中亚山地、青藏高原周边）的物种分化机制与扩散路径仍存诸多谜团，例如高海拔山脉是否构成绝对屏障，以及冰期避难所的具体位置等问题亟待解答。
为破解这些科学谜题，土耳其布尔杜尔梅赫梅特阿基夫埃尔索伊大学（Burdur Mehmet Akif Ersoy University）的研究团队开展了一项跨学科研究。团队聚焦石鸡属的线粒体细胞色素 b（Cyt-b）和控制区（D-loop）基因，结合系统发育分析、物种界定、生态位模型等手段，揭示其进化历史与空间分布动态。研究成果发表于《Avian Research》，为理解古北界鸟类的演化适应与保护策略提供了关键 insights。
研究采用的核心技术包括：
- 分子标记分析：对土耳其、希腊、中国等地的石鸡样本进行线粒体 D-loop 和 Cyt-b 基因测序，并整合 NCBI 数据库序列，构建包含 668 条 D-loop 和 679 条 Cyt-b 序列的数据集。
- 系统发育与物种界定：利用最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和贝叶斯分析（BI）构建系统树，并通过 ABGD、GMYC 等 6 种方法检测隐存物种。
- 祖先区域重建与扩散分析：基于统计扩散 - 分化分析（S-DIVA）和贝叶斯二元 MCMC（BBM）模型，推断属内分支的地理起源与扩散路径。
- 生态位建模（SDM）：结合末次冰盛期（LGM）气候数据，模拟石鸡属的潜在分布区，识别冰期避难所与扩散廊道。
3.1 系统发育与隐存多样性
分子系统树显示，石鸡属分为 7 个单系群，其中石鸡（A. chukar）存在两个高度分化的支系（Clade A 和 Clade B）。基于 Cyt-b 的物种界定分析发现，中国北方的亚种（A. c. potanini、A. c. pubescens、A. c. falki）构成独立的分子操作分类单元（MOTU），提示可能存在隐存物种。D-loop 基因支持 Clade A 和 Clade B 的单系性，但未检测到额外物种，表明不同基因标记的分辨率存在差异。
3.2 时间尺度与地理扩散
分化时间估算显示，石鸡属起源于约 500 万年前（MyaBP）的中新世 - 上新世交界，地中海盆地为原始分布中心。石鸡（A. chukar）于 298 万年前从希腊石鸡（A. graeca）分化，随后通过安纳托利亚向中亚扩散。更新世期间（尤其是 260 万 - 11.7 万年前），气候波动驱动种群多次隔离与扩张，例如伊朗霍拉桑地区作为冰期避难所，而阿尔泰 - 萨彦走廊则是进入中国的关键通道。
3.3 地理屏障与基因流
屏障分析识别出 4 个主要地理障碍：土耳其海峡系统、伊朗 - 中亚沙漠带、兴都库什 - 帕米尔山脉、塔克拉玛干 - 戈壁沙漠。这些屏障将分布区划分为 6 个遗传单元，其中安纳托利亚作为 “基因泵”，向周边区域（如巴尔干、中亚）输送遗传多样性。中亚山地（如帕米尔、天山）因地形异质性成为次级分化中心，而中国北方的阿尔泰 - 萨彦地区则保留了古老单倍型。
3.4 人类活动的影响
历史引种事件（如通过丝绸之路将中国 Clade B 引入欧洲）导致安纳托利亚和欧洲种群出现显著基因渗透，威胁本地遗传资源。地中海盆地的石鸡种群因人类干预发生遗传污染，而中国种群因地理隔离保持较高纯度。研究还发现，家养石鸡的扩散路径与古代贸易路线高度吻合，凸显人类活动对物种进化的深远影响。
结论与意义
本研究系统揭示了石鸡属的跨大陆进化模式，证实地中海盆地为起源中心，中国为次级分化热点，并识别出安纳托利亚、中亚山地和阿尔泰 - 萨彦地区为关键冰期避难所。更新世气候波动通过 “物种泵” 效应促进谱系分化，而高海拔山脉与沙漠构成自然屏障，塑造了当前的遗传结构。人类活动（如引种、栖息地改变）已成为影响石鸡属进化的主导力量，尤其在古北界西部引发遗传同质化风险。
研究首次整合多学科方法解析石鸡属的复杂演化史，为古北界鸟类的系统地理学研究提供了新范式。其成果不仅深化了对陆栖鸟类适应辐射的理解，也为石鸡属的保护策略（如优先保护中国北方隐存谱系、管控引种活动）提供了分子依据。未来需结合全基因组数据与生态模型，进一步揭示微进化过程与表型分化的关联，为生物多样性保护与气候变化响应研究提供理论支撑。
