ADEPT:用于临床数据洞察的高级数据探索与处理工具 —— 解决临床数据预处理、建模及可视化难题的创新方案

【字体: 时间:2025年05月19日 来源:Computer Methods and Programs in Biomedicine 4.9

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  临床数据复杂性与质量问题制约医疗分析。研究人员开发高级数据探索与处理工具(ADEPT),集成数据预处理、建模、可视化等功能,采用孤立森林(Isolation Forest)、DBSCAN 等算法。结果显示 AUC 提升超 14%,为临床数据管理提供高效解决方案。

  
在医疗信息化浪潮中,临床数据正以前所未有的速度爆发式增长。电子健康记录、医学影像、检验报告等多源异构数据如同散落的珍珠,虽蕴含巨大价值,却因数据质量参差不齐、标准不统一、缺失与异常值频发等问题,成为困扰医疗从业者的 “数据迷宫”。如何从杂乱无章的数据中精准提取关键信息,为疾病诊断、治疗方案优化和医学研究提供可靠支撑,成为当下亟待突破的核心挑战。在此背景下,一项由研究人员开展的关于临床数据智能化处理的研究应运而生,其成果发表在《Computer Methods and Programs in Biomedicine》,为破解临床数据困局带来新曙光。

研究团队开发了名为高级数据探索与处理工具(Advanced Data Exploration and Processing Tool,ADEPT)的创新解决方案。该工具以 Python 3.9.7 为开发语言,整合了数据导入、清洗、特征工程、建模及可视化全流程模块,旨在通过自动化、智能化手段提升临床数据处理的效率与准确性。

研究人员采用了多种关键技术方法。在数据预处理环节,运用标准化方法规范数值型数据,借助孤立森林(Isolation Forest)和密度 - based 聚类算法(DBSCAN)检测异常值,利用 K 近邻算法(KNN)和 MissForest 算法填充缺失值;对于文本特征,通过分词处理后进行基于关键词的分类和 K 均值(K-means)聚类分析。建模层面,集成了梯度提升机(Gradient Boosting Machine,GBM)、随机森林(Random Forest,RF)、极端梯度提升(Extreme Gradient Boosting,XGB)、逻辑回归(Logistic Regression,LR)和支持向量机(Support Vector Machine,SVM)五种机器学习模型,并引入动态投票机制优化预测结果。研究选取睾丸生殖细胞癌(Testicular Germ Cell Carcinoma,TGCCD)数据集和流感数据集作为验证样本,前者包含临床、病理及分子特征,用于区分精原细胞瘤与非精原细胞瘤;后者则涉及流感相关数据。

结果


  • TGCCD 数据集性能:在针对 TGCCD 数据集的二分类任务中,ADEPT 通过挖掘患者人口学特征、肿瘤分期、组织学类型等多维度数据,有效实现了精原性肿瘤与非精原性肿瘤的区分。结合其先进的数据预处理和建模能力,显著提升了分类模型的预测效能。
  • 模型性能提升:综合实验结果表明,ADEPT 使模型的曲线下面积(Area Under the Curve,AUC)提升超 14%,同时精准度、灵敏度和特异度等关键指标均显著改善,充分验证了该工具从复杂临床数据中提取有效信息的能力。

结论与讨论


ADEPT 构建了覆盖数据预处理、特征筛选、建模及可视化的全链条解决方案,其创新点在于将经典算法(如 KNN、RF、GBM 等)与动态投票机制相结合,在提升模型准确性的同时,增强了结果的可解释性。研究证实,该工具能够高效处理临床数据中常见的不准确、不完整问题,为医疗研究提供了可靠的数据基础。在医疗大数据应用面临多重挑战的当下,ADEPT 凭借其免费、易用、高效的特性,为医疗机构和科研人员提供了一款实用工具,有望推动临床数据驱动的精准医疗发展,助力疾病预测、诊断和治疗决策的智能化升级。该研究不仅为临床数据处理提供了新范式,也为人工智能与医疗领域的深度融合开辟了更广阔的应用空间。

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