COVID-19 与川崎病免疫相关标志物的相似性:基于生物信息学和机器学习的分析

【字体: 时间:2025年05月20日 来源:BMC Pediatrics 2

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  为探究 COVID-19 与川崎病(KD)分子发病机制的关联,研究人员通过生物信息学和机器学习分析,筛选出 26 个共享差异表达基因(DEGs),鉴定出 PGLYRP1、DEFA4、RETN 三个关键基因,其与免疫细胞浸润相关,为疾病机制研究和诊疗提供新方向。

  
川崎病(KD)是一种好发于 5 岁以下儿童的急性血管炎,若诊治不及时可引发冠状动脉病变(CALs),但其病因和发病机制至今未完全明确。部分研究提示感染可能是触发因素,尤其在遗传易感个体中引发过度免疫反应。而 COVID-19 疫情期间,有报道称 KD 病例数增加,且部分 COVID-19 患儿出现类似 KD 的症状,二者在临床症状(如发热、皮疹、结膜炎)和免疫失调方面存在重叠,但两者之间的因果关系及分子机制尚不明确。为了揭示 COVID-19 与 KD 在分子水平上的关联,中山大学第八附属医院的研究人员开展了相关研究,成果发表在《BMC Pediatrics》。

研究人员从 Gene Expression Omnibus(GEO)数据库筛选了 4 个基因表达数据集,包括 GSE100154(KD)、GSE225220(COVID-19)等,涉及病例和健康对照的全血样本。主要运用了加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达基因(DEG)筛选、功能富集分析(GO 和 KEGG)、蛋白 - 蛋白相互作用(PPI)网络分析、LASSO 回归、ROC 曲线分析以及免疫细胞浸润分析等技术方法。

疾病相关模块的识别与共享 DEGs 筛选


通过 WGCNA 分析 KD 数据集 GSE100154,排除异常样本后,确定最佳软阈值 β=18,识别出 13 个共表达模块,其中粉色、紫色模块与 KD 呈正相关,绿色 - 黄色、青绿色模块呈负相关,筛选出 1047 个疾病相关基因。进一步结合 DEG 分析,在 KD 和 COVID-19 数据集中分别鉴定出 117 个和 2711 个 DEGs,通过交集分析得到 26 个共享 DEGs,作为 COVID-19 相关 KD 枢纽基因。

功能注释与 PPI 网络分析


对 26 个共享 DEGs 进行功能富集分析,发现其主要富集于抗菌免疫反应、中性粒细胞胞外陷阱(NET)形成、NOD 样受体信号通路等。利用 STRING 构建 PPI 网络,结合 Cytoscape 的 MCODE 和 CytoHubba 插件分析,筛选出 9 个核心基因,包括 MPO、LTF、PGLYRP1 等。

关键基因的鉴定与验证


通过 LASSO 回归分析,从 9 个核心基因中筛选出 3 个关键基因:PGLYRP1、DEFA4、RETN。ROC 曲线分析显示,这三个基因在训练集(GSE100154)和验证集(GSE73461)中均具有较高的诊断价值,AUC 值均大于 0.74。此外,在 KD 患者中,这三个基因的表达水平显著高于健康对照,且 PGLYRP1 和 RETN 在静脉注射免疫球蛋白(IVIG)治疗后表达下调。

免疫细胞浸润分析


KD 患者的免疫细胞浸润分析显示,活化树突状细胞(DCs)、M0 巨噬细胞和单核细胞浸润增加,而 CD8? T 细胞、调节性 T 细胞(Tregs)等减少;COVID-19 患者中 M0 巨噬细胞和初始 B 细胞浸润增加,静息 NK 细胞等减少。Spearman 相关性分析表明,三个关键基因与 M0 巨噬细胞、活化 DCs 等呈正相关,与 CD8? T 细胞呈负相关。

研究结论表明,PGLYRP1、DEFA4、RETN 这三个免疫相关生物标志物及其共享通路(如 NET 形成、NOD 样受体信号通路)可能在 COVID-19 和 KD 的发病机制中起重要作用。这些发现为阐明两者的共同免疫机制提供了新视角,有助于开发针对这两种疾病的诊断标志物和治疗靶点。尽管研究存在样本量不平衡、生物信息学方法局限性等问题,但为后续大样本验证和机制研究奠定了基础,对儿科心血管疾病和感染性疾病的诊疗具有重要意义。
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