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为挖掘具有抗菌特性的酵母资源，研究人员从墨西哥新莱昂州东马德雷山脉分离到汉逊德巴利酵母（Debaryomyces hansenii）CM662 株，其对大肠杆菌（Escherichia coli）和单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes）具抗菌活性。本研究公布其基因组草图，组装包含 147 个 contigs，总长 12,144,590 bp，GC 含量 36.04%，为相关应用研究奠定基础。
汉逊德巴利酵母（Debaryomyces hansenii）是一种耐高盐酵母，能够在高盐环境中生长，在生物技术领域具有应用潜力，尤其在食品保鲜和生物活性化合物生产方面。CM662 株是从墨西哥新莱昂州东马德雷山脉筛选具有抗菌特性酵母的过程中分离得到的，该菌株对大肠杆菌（Escherichia coli）和单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes）等病原细菌表现出抗菌活性。
研究人员采用改进的方法，在一年多时间里对东马德雷山脉的四个地点进行采样，包括土壤和植被样本，记录了每个地点的坐标、温度、海拔和植被类型等信息。土壤样本为表层约 5 厘米的土层，并使用 Whatman 指示剂条进行现场 pH 测量。总共从 27 个不同来源收集了 40 份样本，将每份样本置于添加氯霉素和丙酸钠的 YM 培养基中进行现场富集培养，以分别抑制细菌和丝状真菌的生长，随后将培养物带回实验室进行进一步处理。
基因组 DNA 提取采用 Amery 等人描述的方法，简要步骤为：将培养的菌液离心后，用提取缓冲液重悬细胞沉淀，经孵育、添加试剂、离心等操作后，用异丙醇沉淀 DNA，再经乙醇洗涤后用 TE 缓冲液重悬，并使用 NanoDrop 2000 分光光度计进行定量。
全基因组测序由 GeneWiz 使用 Illumina MiSeq 平台和 Illumina Nextera XT 文库制备试剂盒进行，生成 250 bp 双端 reads，获得 2100 万条原始数据 reads，平均质量得分 35.30，数据量为 10,784 Mb，覆盖度 875×，同时构建了 300 bp reads 的双端文库。使用 FastQC 0.11.9 版对原始 reads 进行质量评估，通过 TrimGalore 0.6.6 版修剪接头序列和低质量碱基。
使用 SPAdes 3.15.3 版进行从头基因组组装，默认 k-mer 设置为 25、33、55 和 127。组装得到 147 个大于 1000 bp 的 contigs，总长 12,144,590 bp，N50值为 672,275 bp。使用 BUSCO 5.8.2 版和 saccharomycetes_odb10 数据库评估基因组完整性，最大 contig 为 1,604,087 bp，GC 含量为 36.04%。通过 QUAST 5.0.2 版评估组装统计数据。
表 1 总结了汉逊德巴利酵母 CM662 株的测序和组装指标，包括 reads 数、总碱基数、平均 Phred 质量、估计覆盖度、contigs 数、组装质量指标（N50、L50、GC 含量）以及使用 saccharomycetes_odb10 数据库的 BUSCO 完整性指标等。
本研究未获得公共、商业或非营利部门任何资助机构的特定资助。
