船蛆内共生菌Teredinibacter turnerae两株菌株SR01903与SR02026全基因组解析及其共生机制研究

来自约翰霍普金斯大学等机构的研究人员通过牛津纳米孔测序技术，完成了船蛆内共生菌Teredinibacter turnerae两株菌株（SR01903与SR02026）的全基因组测序。该研究揭示了菌株间98.67%的高同源性及高度保守的基因共线性，为船蛆-细菌共生系统模型建立及木质纤维素酶开发提供关键基因组资源。

　　

船蛆（Teredinidae）这类以木材为食的双壳贝类，其鳃部栖息着一种可培养的细胞内共生菌——Teredinibacter turnerae（分类学归属：γ-变形菌纲Gammaproteobacteria，Cellvibrionaceae科）。这些神奇的微生物能分泌降解木质纤维素(lignocellulose)的酶系，帮助宿主消化木材，因而成为新型酶制剂和药物开发的明星菌种。

研究人员从佛罗里达州印第安河泻湖采集的船蛆Lyrodus pedicellatus（野生型）和Teredo bartschi（实验室第四代）鳃部分离出SR01903和SR02026两株菌株。采用含纤维素粉末（Sigmacell Type 101）的船蛆基础培养基(SBM)进行培养，通过牛津纳米孔MinION测序平台（Q20+化学试剂盒，R10.4流动槽）获得基因组数据。经Flye软件组装、Racon和Medaka校正后，最终获得长度分别为5.23 Mb和5.16 Mb的环状染色体，GC含量均为50.9%。

基因组对比显示，两菌株与模式菌株T7901的相似性超过98%，彼此间平均核苷酸相似性(ANI)达98.67%，且基因排列高度保守（通过MUMmer3软件可视化）。注释发现SR01903含4,207个基因（4,152个CDS），SR02026含4,142个基因（4,086个CDS），均编码3个完整rRNA。这些数据为揭示船蛆-细菌共生的分子对话机制，以及开发新型生物催化剂奠定基础。

该研究获得美国国家海洋和大气管理局（NA19OAR0110303）、戈登和贝蒂·摩尔基金会（GBMF 9339）等机构资助，测序设备部分由美国国家科学基金会（DBI 1722553）支持。