牛精液核糖核酸酶单体与二聚体结构稳定性的分子动力学模拟比较研究

为解决牛精液核糖核酸酶(BS-RNase)单体与二聚体结构稳定性差异的机制问题，研究人员通过分子动力学模拟(MD)结合GROMACS工具，分析了两种形式的RMSD、RMSF及Rg等参数。结果显示，单体结构的ERRAT评分、Ramachandran图及Z-值均优于二聚体，表明其稳定性更高，为后续药物开发提供了更可靠的分子基础。

　　

牛精液核糖核酸酶(Bovine Seminal Ribonuclease, BS-RNase)作为RNase A家族的特殊成员，因其抗病毒和抗肿瘤活性备受关注。这项研究通过计算机模拟手段，对比了其单体与二聚体的结构稳定性。

研究人员从蛋白质数据库(PDB)获取初始结构，利用Modeller服务器补全缺失氨基酸，并通过SAVES 6和ProSA验证模型质量。采用GROMACS进行分子动力学模拟，分析均方根偏差(RMSD)、均方根波动(RMSF)和回转半径(R_g)等参数。

结果发现：单体的ERRAT评分、Ramachandran图谱和ProSA Z-值均优于二聚体；虽然两种形式的RMSD/RMSF/R_g数据均处于可接受范围，但单体展现出更稳定的动态行为。这一发现为优化BS-RNase的药用形式提供了关键依据——单体结构可能更适合作为抗肿瘤药物的开发模板。