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miRNA 作为细胞信号通路关键调控因子,其差异表达在多种恶性肿瘤中具重要作用。本研究基于 TCGA 数据库,通过机器学习等分析 353 例结直肠癌(CRC)样本,发现 miR-19b、miR-20a 有预后作用,miR-20a 等可作诊断生物标志物,为 CRC 诊疗提供新方向。
miRNA(微小 RNA)作为许多细胞信号通路的关键调控因子,其差异表达已在多种恶性肿瘤中开展研究,可能在包括结直肠癌(CRC)在内的癌症进展中发挥重要作用。本研究利用机器学习和基因互作研究工具,探索 miRNA 在 CRC 中的预后和诊断价值。对来自 TCGA 数据库的 353 例 CRC 样本和正常组织数据进行整合分析,通过 R 软件包定义差异表达 miRNA(DEMs)。此外,机器学习和 Kaplan Meier 生存分析进一步明确了 miRNA 的显著预后价值。结合在线数据库评估靶基因间相互作用、其分子通路及 DEMs 间相关性。结果表明,miR-19b 和 miR-20a 具有显著预后作用,且与 CRC 进展相关。ROC 曲线分析显示,单独 miR-20a 及与 hsa-mir-21、hsa-mir-542 等其他 miRNA 联合时,均为 CRC 的诊断生物标志物。此外,发现 NTRK2、CDC42、EGFR、AGO2、PRKCA、HSP90AA1、TLR4、IGF1、ESR1、SMAD2、SMAD4 和 NEDD4L 这 12 个基因为这些 miRNA 的最高评分靶标。通路分析确定了与关键互作基因(即 EGFR、CDC42 和 HSP90AA1)相关的两条酪氨酸激酶和 MAPK 信号通路。为更好地明确这些 miRNA 的作用,还构建了包括 lncRNA(长链非编码 RNA)的 ceRNA(内源竞争 RNA)网络。综上,R 数据分析与机器学习的结合为解析 miRNA 与其靶标间的复杂相互作用提供了有力方法。