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为探究禽源盲肠肠球菌（E. cecorum）耐药及致病机制，研究人员对国内商品肉鸡中分离的耐利奈唑胺菌株（2023EC-GS-SDAU-1）开展全基因组测序、耐药基因分析及致病性实验，发现其携带 optrA/fexA 等耐药基因，属 C 群且具强致病性，为耐药监控提供依据。
在全球畜牧业蓬勃发展的背景下，禽源致病菌的耐药性问题正成为威胁公共卫生安全的隐形杀手。盲肠肠球菌（Enterococcus cecorum）作为禽类肠道共生菌，近年却频繁引发肉鸡脊椎炎（又称肠球菌性脊椎炎），导致肉鸡出现对称性后肢瘫痪、高淘汰率等问题。更严峻的是，随着抗生素的广泛使用，该菌的多重耐药性（MDR）尤其是耐利奈唑胺菌株的出现，不仅使禽类治疗陷入困境，还可能通过食物链将耐药基因传播给人类，引发公共卫生危机。利奈唑胺作为恶唑烷酮类抗生素，是治疗多重耐药革兰氏阳性菌感染的 “最后防线”，其耐药基因（如 optrA、fexA）的传播与扩散已成为全球关注的焦点。然而，针对中国商品肉鸡中耐利奈唑胺盲肠肠球菌的研究尚属空白，其耐药机制、遗传背景及致病性亟待深入探究。
为填补这一研究空白，山东农业大学等机构的研究人员开展了相关研究。他们从国内某肉鸡场脊椎炎 outbreak 中分离出一株耐利奈唑胺盲肠肠球菌（2023EC-GS-SDAU-1），通过多维度研究揭示其耐药特征与致病机制。该研究成果发表在《BMC Microbiology》，为禽类耐药菌防控及公共卫生安全提供了关键科学依据。
研究主要采用了以下关键技术方法：首先进行样本采集与细菌分离，从发病肉鸡的脊椎病变处获取样本，通过哥伦比亚绵羊血琼脂培养及 16S rRNA 测序鉴定出盲肠肠球菌；其次利用纳米孔（Nanopore）和 Illumina 平台进行全基因组测序，结合 Flye 和 Pilon 软件完成基因组组装与校正，并通过 Prokka 等工具进行基因注释；然后基于 81 株全球盲肠肠球菌全基因组数据，使用 PhyloPhlAn 和 IQ-TREE 构建系统发育树，分析菌株的遗传进化关系；通过 CARD 数据库和 VFDB 数据库分别筛查耐药基因（ARGs）和毒力基因，结合 PCR 验证和反向 PCR 技术解析耐药基因簇的遗传环境；最后通过 Kirby-Bauer 法进行药物敏感性测试，并利用肉鸡感染实验验证菌株的致病性。
临床症状与细菌鉴定
对自然感染肉鸡的剖检显示，其脊椎骨表面骨折、胸椎弯曲，炎症肿块内充满干酪样坏死物质，符合肠球菌性脊椎炎的典型病变。分离出的菌株在琼脂平板上呈非溶血或轻度 α- 溶血的灰色菌落，革兰氏染色为阳性球菌，16S rRNA 序列与参考菌株 E. cecorum DSM 20682 同源性达 99.6%，确认为盲肠肠球菌，命名为 2023EC-GS-SDAU-1。
基因组特征与功能注释
全基因组测序显示，该菌株基因组大小为 2.484 Mbp，GC 含量 36.5%，包含 12 个基因组岛（GI）和 18 个插入序列（IS）。通过功能注释发现，其基因广泛涉及代谢、核糖体结构等生物过程。与参考菌株的共线性分析表明，基因组存在局部插入、缺失及倒位现象，提示其经历了复杂的遗传重组。
系统发育与耐药基因分析
系统发育树显示，2023EC-GS-SDAU-1 属于 F 进化支，与美国、法国的致病菌株聚类紧密，暗示其可能通过种禽贸易实现跨区域传播。耐药基因分析表明，该菌株携带 15 种 ARGs，包括首次在盲肠肠球菌中发现的 optrA、fexA、catA8 等 6 个基因。其中，optrA/fexA/ermA 基因簇定位于基因组岛 GI12，两侧为同向插入序列 ISEfa5，形成类似转座子的移动单元。反向 PCR 验证了 ISEfa5 介导的转座单元（TU）形成，揭示了耐药基因水平转移的潜在机制。
毒力基因与致病性验证
毒力基因筛查显示，菌株携带 31 个毒力基因，较参考菌株多 14 个，包括参与荚膜多糖合成的 cps4J、cps4L、cps4K 等基因，以及与黏附、侵袭相关的 ssaB、nanB 等基因。肉鸡感染实验表明，接种菌株的肉鸡在 32 天出现典型瘫痪症状，剖检可见脊椎干酪样病变及多器官炎症，组织病理学显示骨结构破坏、炎症细胞浸润，且可从病变部位重新分离出菌株，证实其强致病性。
讨论与研究意义
本研究首次在中国商品肉鸡中鉴定出携带 optrA/fexA 基因簇的耐利奈唑胺盲肠肠球菌 F 群菌株，揭示了 ISEfa5 介导的耐药基因传播机制。研究发现，该菌株的耐药基因主要富集于基因组岛，且与全球致病性菌株遗传关系密切，提示家禽产业链可能成为恶唑烷酮类耐药基因（optrA）的重要储存库。此外，菌株携带的荚膜多糖合成基因等毒力因子，可能增强其逃避宿主免疫的能力，解释了其强致病性。
该研究不仅填补了国内盲肠肠球菌耐利奈唑胺研究的空白，还为全球禽源耐药菌监控提供了关键数据。鉴于盲肠肠球菌的人畜共患潜力，研究结果警示需加强家禽养殖中的抗生素使用管理，建立常态化耐药监测体系，以遏制耐药基因向人类病原菌的传播，降低公共卫生风险。未来研究需进一步扩大样本范围，深入解析耐药与致病的分子机制，为开发针对性防控策略奠定基础。
