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为监测家禽遗传变异、服务保种育种,研究人员基于 Illumina 60K SNP 芯片对蛋鸡品种(CZG、LLB)和观赏鸡品种(PWC、HSSD)开展 ROH 分析。发现不同品种 ROH 数量及近交系数有差异,40 个 ROH 岛中 8 个在 2-3 个品种间共享,相关基因涉及生长代谢等功能,为品种选育提供了遗传依据。
人工选择与自然选择显著加剧了鸡品种的表型和遗传分化,对环境条件(如恶劣气候驯化)的适应在许多品种的基因组结构中留下了选择 “痕迹”。因此,监测小型鸡品种的遗传变异是家禽群体育种和保护计划的重要组成部分。基于 Illumina 60K 单核苷酸多态性(SNP)芯片对品种进行基因分型的结果,研究人员对蛋鸡品种和观赏鸡品种开展了生物信息学分析,分析了蛋鸡品种捷克金(CZG)、意大利鹧鸪浅褐来航鸡(LLB)和观赏鸡品种波兰白冠黑鸡(PWC)、汉堡银斑矮脚鸡(HSSD)的纯合连续区段(ROH)。鸡染色体中 ROH 的平均数量在 PWC 品种中为 200±6 个,在 LLB 品种中为 287±5 个,近交系数在 PWC 品种中为 0.29±0.04,在 HSSD 品种中为 0.50±0.013。在研究的鸡品种中,鉴定出的 40 个 ROH 岛中,有 8 个在两个或三个鸡品种中相同,这些 ROH 岛位于 GGA1、GGA2、GGA7、GGA11 和 GGA25 染色体上。ROH 岛中的基因与鸡体重、脂肪代谢、采食量、蛋黄重量、啄羽障碍以及介导 DNA 复制和 mRNA 加工的分子过程相关。研究还结合选择背景对不同品种中相同 ROH 岛的现象进行了讨论。