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本研究以湖羊、藏羊及杂交羊为对象，利用 16S rDNA 测序分析直肠粪便微生物差异，发现不同品种微生物组成有显著差异，鉴定出父母代生物标志物，其可能通过脂质代谢影响生长性状，揭示杂交后代微生物继承规律。
研究背景与目的
随着肉类需求增加，高蛋白低脂肪的羔羊肉备受青睐，肉羊产业依赖品种培育与杂交。杂交优势（heterosis）可提升生产性能，而肠道作为重要的消化免疫器官，其微生物（如厚壁菌门 Firmicutes、拟杆菌门 Bacteroidetes）受遗传背景等因素影响，可能通过代谢途径调控宿主生长。本研究以湖羊、藏羊及其杂交羊为对象，利用 16S rDNA 测序技术，分析直肠粪便微生物组成差异，探究其与生长性状的关联，验证杂交后代微生物继承假说。
材料与方法
试验选取 6 月龄体重相近的湖羊、藏羊及杂交羊公羊各 8 只，统一饲养至 9 月龄。期间每月测定体重、体尺，收集粪便与血液样本。粪便样本经处理后进行 16S V3-V4 区扩增、Illumina NovaSeq 测序，利用 QIIME2 等软件分析微生物多样性（α、β 多样性）、组成（门、属水平）及功能（KEGG、MetaCyc 数据库），并通过 LEfSe 筛选生物标志物，结合线性拟合、相关性分析探讨微生物与生长性状的关系。
结果
生长性状与血液指标
6 月龄时各组体重无显著差异，8 月龄湖羊与藏羊体重差异显著（P<0.05），9 月龄藏羊和杂交羊体重显著高于湖羊（P<0.05）。藏羊体高显著高于湖羊（P<0.05），尾宽则相反；杂交羊体尺指标介于两者之间。湖羊饲料转化率（FCR）显著高于藏羊（P<0.05），藏羊与杂交羊平均日增重（ADG）更高（P<0.05）。血液指标显示，藏羊白蛋白、甘油三酯含量显著低于湖羊（P<0.05），杂交羊居中。
粪便微生物多样性与组成
测序获得 1,444,098 条有效标签，聚类得到 9,102 个 ASVs，三组共享 1,816 个 ASVs。β 多样性分析显示，湖羊与藏羊微生物组成差异显著（PERMANOVA，P<0.05），杂交羊介于两者之间。门水平上，三组均以厚壁菌门、拟杆菌门为主，湖羊变形菌门（Proteobacteria）丰度较高，藏羊纤维杆菌门（Fibrobacterota）更丰富。属水平优势菌为拟杆菌属（Bacteroides）、UCG-005、理研菌科 RC9 肠道群（Rikenellaceae_RC9_gut_group），湖羊与杂交羊琥珀酸弧菌属（Succinivibrio）富集，藏羊和杂交羊普雷沃氏菌科 UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）、毛螺菌科 NK4A136 群（Lachnospiraceae_NK4A136_group）等丰度较高。
生物标志物与功能预测
LEfSe 筛选出湖羊与藏羊各 6 个生物标志物，藏羊标志物包括古生菌门（Patescibacteria），湖羊为阴性杆菌属（Negativibacillus）、线粒体（Mitochondria）等。线性拟合显示，属水平生物标志物相对丰度与品种呈显著线性关系（P<0.05），杂交羊标志物丰度介于亲本之间。功能预测表明，湖羊微生物功能富集于氨基酸代谢、脂质代谢，藏羊在异生物质降解、萜类代谢等通路活跃，杂交羊则在能量代谢、碳水化合物代谢途径显著富集。
讨论
杂交羊体重增长优势与杂交优势一致，其饲料效率提升可能与微生物组成有关。藏羊与湖羊的甘油三酯水平差异及尾宽变化，暗示杂交影响脂肪沉积，而微生物通过脂质代谢通路调控这一过程。例如，藏羊的Patescibacteria与体重、ADG 正相关，湖羊的立克次氏体目（Rickettsiales）与尾宽正相关。微生物组成差异受宿主遗传影响，杂交后代微生物丰度呈亲本中间型，印证遗传对肠道菌群的塑造作用，与奶牛瘤胃菌群遗传性研究结果一致。
结论
湖羊、藏羊及其杂交羊的直肠粪便微生物组成存在显著差异，鉴定出的亲本生物标志物通过脂质代谢等途径影响生长性状，杂交羊微生物组成呈现亲本遗传特征。本研究为利用杂交优势优化肉羊生产、解析微生物 - 遗传互作机制提供了科学依据。
