牛源铜绿假单胞菌maqsudiensis株基因组草图揭示抗生素耐药基因库与潜在人畜共患风险

来自孟加拉达卡的研究人员针对牲畜源铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)的抗生素耐药性传播问题，通过Illumina MiSeq平台完成首例牛源菌株maqsudiensis的6.33 Mb基因组测序。该菌株携带crpP、blaPAO等耐药基因，预测人类致病概率达0.759，为研究食源抗菌素耐药性(AMR)传播提供了关键基因组数据。

　　

这项研究报道了从孟加拉达卡加布托利牛市场(23.7821°N, 90.3374°E)采集的牛直肠拭子中分离出的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)maqsudiensis株的基因组特征。通过Illumina MiSeq平台进行全基因组测序(WGS)，获得包含103个重叠群(contigs)的6.34 Mb基因组草图，GC含量为66.44%，N₅₀值达106,230 bp。

生物信息学分析显示，该菌株携带5,784个预测编码序列(CDS)及多重耐药基因，包括β-内酰胺酶基因(bla_PAO、bla_OXA)、氯霉素乙酰转移酶(catB7)和氨基糖苷磷酸转移酶(aph(3')-IIb)。值得注意的是，PathogenFinder预测其人类致病概率达75.9%，提示潜在的公共卫生风险。

实验采用标准微生物学流程：LB肉汤富集后接种麦康凯琼脂(MacConkey agar)，经PCR鉴定种属。基因组DNA提取使用QIAGEN试剂盒，文库构建采用NEBNext Ultra II试剂盒。质量控制环节运用FastQC和Trimmomatic进行读长修剪(AVGQUAL 30)，最终464,433条高质量读长通过Unicycler完成组装，经Prokka和NCBI PGAP双系统注释。

该研究首次揭示了孟加拉国牲畜源铜绿假单胞菌的基因组耐药特征，为追踪食源性病原体传播链及抗菌素耐药性(AMR)监测提供了重要分子流行病学数据。