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综述:酶法从头寡核苷酸合成的新兴技术与进展
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年05月22日 来源:Biotechnology Advances 12.1
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这篇综述系统探讨了酶法寡核苷酸合成(TdT/PUP介导)的技术演进,对比传统磷酰胺化学法的局限性(如200 nt长度瓶颈、有机溶剂污染),重点解析了末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)的工程化改造、可逆终止剂(3′-O-azidomethyl/ONH2)设计及固相合成平台创新,为DNA数据存储和核酸药物开发提供了绿色解决方案。
酶法寡核苷酸合成技术正掀起分子生物制造的革新浪潮。传统磷酰胺化学法虽仍是工业金标准,但其合成长度受限(约200 nt)、累积错误率高及有毒溶剂依赖等痛点,促使学界将目光转向具有天然精准性的酶催化体系。
模板非依赖合成:TdT的王者之路
末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)因其独特的模板非依赖性成为明星酶。从牛胸腺中首次分离的TdT,经结构解析发现其活性中心由指状、掌状、拇指状和8-kDa结构域构成隧道状空腔,关键长环结构(Loop 1)赋予其随机聚合特性。通过定向进化改造,工程化TdT(如ZaTdT)对3′-O修饰底物的催化效率提升显著。金属离子调控堪称点睛之笔——Co2+增强嘧啶底物偏好性,而Mg2+则促进嘌呤聚合,这种"离子开关"特性为精准合成提供调控维度。
可逆终止剂的化学博弈
3′-OH封闭策略中,三大终止剂各领风骚:3′-O-叠氮甲基(3′-O-azidomethyl)通过Staudinger反应被TCEP温和切除;3′-O-烯丙基(3′-O-allyl)凭借钯催化Tsuji-Trost反应实现30秒快速脱保护;而3′-ONH2则利用亚硝酸钠缓冲液在1分钟内完成高效切割。有趣的是,光敏性2-硝基苄基和热敏感四氢呋喃衍生物等新型终止剂,正为无试剂化合成开辟新路径。
固相合成平台的智能升级
从磁珠到LCAA-CPG(长链烷胺可控孔玻璃),固相载体的革新显著降低错误率。DNA Script开发的微流控芯片结合喷墨打印技术,实现96通道并行合成。而锚定策略更是脑洞大开:铜游离点击化学(SPAAC)将DBCO修饰引物与叠氮玻片共价结合,空间位阻优化使酶分子"舞蹈空间"达到完美平衡。
超越DNA的合成边疆
酶法合成技术正在突破天然核酸界限:CID1 poly(U)聚合酶突变体实现2′-F/2′-OMe修饰RNA的固相合成;锁核酸(LNA)和己糖醇核酸(HNA)等XNA的酶法构建,为核酸药物开发提供新武器。更令人振奋的是,KOD聚合酶介导的模板依赖合成,已能规模化生产全Rp构型磷硫酰反义核酸(如福米韦生),纯度达87%。
商业转化赛道已呈百花齐放态势:DNA Script的SYNTAX打印机实现120 nt合成,Ansa生物采用TdT-dNTP偶联物创下1005 nt记录,而Camena Bioscience的三核苷酸砌块策略更突破至2.7 kb质粒合成。尽管当前酶法合成成本仍较高,但随着AI辅助酶设计和高通量分析技术的发展,这场绿色合成革命必将重塑生命科学产业链。
未来挑战清晰可见:99.9%的步进效率阈值需要突破,二级结构干扰尚待解决,而酶制剂低温保存需求对设备提出新要求。但可以预见,随着冷冻电镜解析TdT-底物复合物结构等基础研究的深入,酶法合成终将成为寡核苷酸制造的黄金标准。
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