BrachyTonalli 1.0：基于Shiny的交互式转录组分析平台揭示二穗短柄草生态型在低光与淹水胁迫下的昼夜动态

研究人员开发了一款名为BrachyTonalli 1.0的Shiny交互式网络应用（URL: http://shiny.unpa.edu.mx:3838/tonalli/），用于分析模型植物二穗短柄草（Brachypodium distachyon）两种生态型在低光、淹水及正常条件下的转录组数据。该平台整合了89个文库（总计约1800M reads），提供基因表达量、差异倍数（fold change）、跨胁迫/生态型比较及错误发现率（FDR）等可视化分析，支持图表与数据集下载。研究还意外发现了新的持家基因（housekeeping transcripts），为植物逆境生物学研究提供了高效的数据挖掘工具。

　　

RNA-seq技术已成为植物逆境研究的核心手段，但海量数据的快速解读仍是挑战。为此，科研团队推出BrachyTonalli 1.0——一个基于Shiny框架的炫酷网络工具，专用于探索二穗短柄草(Brachypodium distachyon)的转录组奥秘。该平台囊括了两种生态型在低光照、完全淹水及正常生长条件下的昼夜动态数据，89个高质量文库（单库≥10M reads，总量约1800M）如同89个基因表达"时间胶囊"。用户可一键获取基因表达丰度、差异倍数(fold change)、跨条件对比及统计学参数（如错误发现率FDR），所有图表和数据均支持"即点即得"式下载。更有趣的是，研究者还玩转"跨界应用"，从这组数据中挖掘出潜在的新型持家基因(housekeeping transcripts)，为后续实验提供了意外彩蛋。这个工具不仅让植物学家能像查阅"基因天气图"般直观追踪胁迫响应，其模块化设计更堪称小型RNA-seq数据分析的"瑞士军刀"。