波多黎各洞穴真菌群落特征研究：基于ITS测序揭示地下微生物生态多样性

来自波多黎各的研究团队针对洞穴生态系统微生物群落未充分探索的问题，通过内部转录间隔区(ITS)测序技术，对北部石灰岩喀斯特带7个洞穴的真菌组成进行解析。研究发现57个真菌目级分类单元，优势类群包括Mortierellales、Hypocreales等，揭示了真菌在黑暗寡营养环境中的生态功能，为地下微生物资源开发和保护提供科学依据。

　　

黑暗的洞穴生态系统缺乏光照，依赖地表输入资源或微生物互作获取能量。尽管存在高矿物质浓度、寡营养等极端条件，生物体仍能适应特殊生态位。这些严酷环境中蕴藏着富含新型生物活性物质的微生物，具有潜在生物医学价值。

研究团队采集波多黎各喀斯特区7个洞穴的蝙蝠粪便富集土壤样本，通过机械冻融、酶解（溶菌酶）和化学（十二烷基硫酸钠联合异硫氰酸胍）法提取DNA。采用ITS1-F/TCCGTAGGTGAACCTGCGG和ITS2-R/GCTGCGTTCTTCATCGATGC引物扩增ITS1区域，获得3,786,087条原始序列。经QIIME 2分析流程处理，最终获得3,725,606条高质量 reads，聚类为764个100%相似度的扩增子序列变异体(ASVs)。

研究揭示57个真菌目级分类单元，各洞穴呈现显著差异：ALA洞穴以被孢霉目(Mortierellales)(71.4%)和肉座菌目(Hypocreales)(15.0%)为主；ENS洞穴则富含酵母目(Saccharomycetales)(70.8%)和散囊菌目(Eurotiales)(24.6%)。这些真菌作为分解者或寄生者，通过降解复杂有机物、参与营养循环维持地下生态系统稳定，为开发新型生物活性物质提供了重要资源库。