基于鸟枪法宏基因组测序技术的零售鸡肉食源性病原体检测方法评估

来自美国马里兰州的研究团队针对零售鸡肉中沙门氏菌(Salmonella)等食源性病原体检测难题，创新性应用鸟枪法宏基因组测序(shotgun metagenomic sequencing)技术，系统评估了全胴体富集法(WCE)和冲洗法(WCR)的检测效率。研究公开了高质量测序数据集，为不同样本处理方法下的微生物多样性分析和病原体监测提供了重要参考。

　　

零售鸡肉作为沙门氏菌(Salmonella)等食源性病原体的重要载体，其安全监测至关重要。美国农业部食品安全检验局(USDA-FSIS)推荐采用全胴体富集法(Whole Carcass Enrichment, WCE)和冲洗法(Whole Carcass Rinse, WCR)进行检测。这项研究别出心裁地运用鸟枪法宏基因组测序技术，对马里兰州零售店采购的5只肉鸡样本进行深度分析。

实验设计充满巧思：每只鸡胴体用500mL缓冲蛋白胨水(BPW)震荡处理后，精妙地分成三部分——30mL冲洗液(WCR)、100mL预富集液，剩余部分则进行24小时37℃的WCE培养。通过1微米和0.22微米两级过滤系统捕获微生物，配合DNeasy PowerWater试剂盒提取DNA。

测序环节更是精益求精：1ng DNA样本经Nextera XT建库试剂盒处理，采用IDT特异性双端索引标记，12轮PCR扩增后使用AMPure磁珠纯化。Illumina HiSeq X平台产生平均2100万条双端150bp读长，GC含量52.78%的高质量数据。最引人注目的是样本202A，竟获得惊人的6223万条reads，数据量达187亿碱基！

这些珍贵的测序数据已存入SRA数据库，包含15个样本的完整元信息。研究不仅验证了传统检测方法的可靠性，更建立了首个零售鸡肉微生物组参考数据库，为食品安全监测开辟了分子水平的新途径。值得一提的是，该项目获得了USDA Evans Allen计划(4-451621号)和马里兰大学东岸分校研究生院的鼎力支持。