2023年喀麦隆非洲猪瘟病毒基因I型分离株全基因组解析及其流行病学意义

【编辑推荐】喀麦隆研究人员针对2023年非洲猪瘟(ASF)疫情，通过Illumina和纳米孔测序技术完成首株基因I型ASFV分离株(Cameroon/2023/SBP30)全基因组测序，揭示该毒株与历史流行株Benin 97/1的遗传关联，为西非地区ASFV分子流行病学研究提供关键数据。

　　

在喀麦隆持续流行的非洲猪瘟病毒(ASFV)又有了新发现！科研团队从2023年暴发疫情中获取的3月龄病死家猪样本里，成功分离到一株基因I型病毒。通过GentleMACS组织匀浆仪处理淋巴结样本后，先在猪巨噬细胞中扩增病毒，再运用MagMax核酸提取试剂盒获取病毒DNA。

测序过程可谓"双管齐下"：Illumina平台采用Nextera XT建库试剂盒进行500循环双端测序，纳米孔技术则用R10.4芯片运行72小时高精度模式。经过fastP严格质控的250万条短读长数据，与纳米孔产生的61万条长读长数据，通过SPAdes v3.15.4进行杂交组装，最终获得182,531bp的完整基因组（GC含量38.6%）。

这个被命名为Cameroon/SBP30/2023的毒株，经bwa-mem2比对和Transporter软件注释，携带191个基因。通过p72衣壳蛋白基因(B646L)分型鉴定，确认属于经典基因I型，与西非流行的Benin 97/1毒株亲缘关系密切。该研究不仅证实喀麦隆ASFV流行株的遗传稳定性，更为跨境动物疫病防控提供了重要分子标记。

特别值得一提的是，研究采用独特的"三级过滤"策略：先比对ASFV参考基因组(FR682468)，再过滤猪基因组序列，最后对"漏网之鱼"进行de novo组装，确保数据纯净度。最终基因组经Illumina读长回贴验证，达到157倍覆盖深度，质量杠杠的！