大肠杆菌 K-12 MG1655 经新生霉素、四环素和利福平处理的转录组测序数据集

为探究大肠杆菌（Escherichia coli）对新生霉素等抗生素的耐药机制，研究人员利用 Cappable-Seq 和 RNA-seq 技术，分析了 MG1655 菌株经不同抗生素处理后的转录组变化，鉴定出响应 RNA 合成、蛋白质合成及 DNA 促旋酶活性抑制的基因簇，为解析细菌耐药机制提供数据支撑。

　　

本研究呈现了大肠杆菌（Escherichia coli）MG1655 经新生霉素、利福平及四环素处理后的转录组数据集。研究发现，细菌对 RNA 合成抑制、蛋白质合成抑制和 DNA 促旋酶活性抑制存在基因簇响应。实验中，将 MG1655 培养至对数中期（OD₆₀₀=0.6），分别加入不同浓度抗生素，选取处理 1 小时后使 CFU 减少 50% 的浓度（四环素 12.5 mg/L、利福平 50 mg/L、新生霉素 100 mg/L），于处理 15 分钟后用乙醇 - 苯酚溶液固定细菌细胞，提取 RNA 并进行核糖体 RNA 去除、建库及测序。通过生物信息学分析，共获得超 1.26 亿条 reads，平均每个样本约 1050 万条。差异表达基因分析及热图构建显示，不同抗生素处理诱导了独特的基因表达模式。这些数据揭示了细菌通过特异性和非特异性反应应对转录、翻译及 DNA 拓扑结构干扰的适应潜力，为临床和环境应用中深入理解细菌耐药机制提供了重要资源。