固相 DNA 编码文库合成:构建可解码药物筛选 “元件库” 的大师级指南

【字体: 时间:2025年05月23日 来源:Nature Protocols 13.1

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  为解决传统 on-DNA 合成中药物分子与 DNA 标签空间位阻导致的靶向结合偏差问题,研究人员开发固相 DNA 编码文库(DEL)合成方案。通过珠上化学合成与 DNA 编码连接,实现化合物 - 标签解偶联,结合质控创新,为高通量筛选提供可靠工具。

  
本方案描述适用于多种高通量筛选应用的固相 DNA 编码文库(DEL)合成方法。文库通过连续珠上化学合成与 DNA 编码连接反应构建,生成可解码的文库微珠。固相 DEL 结合 “一珠一化合物” 策略与 DNA 编码,使微珠展示多拷贝光可裂解文库成员及 DNA 编码标签。通过顺序化学合成与酶促 DNA 连接反应,获得可物理分离单个成员的编码文库,支持多种高通量筛选模式。相较于小分子直接连接 DNA 标签的 on-DNA 合成,该方法将文库成员与 DNA 标签的空间位阻解偶联,避免靶向结合偏差。方案提供分步操作指南,整合最新质控创新以确保文库稳健制备。流程始于珠上合成含色谱分析光谱手柄、质谱电离增强基团及炔基(用于铜催化叠氮 - 炔环加成点击化学安装 DNA 编码位点)的接头。文库合成前引入光可裂解接头,使化合物可从微珠释放用于基于活性的筛选。强大的组合拆分 - 混合平行合成策略将有限小分子构建模块转化为包含所有可能组合的大型 DEL。合成后对单个 DEL 微珠进行解码与质谱分析,结合全文库深度测序,提供严格化学与生物信息学质控,确认筛选适用性。固相化学操作门槛低:无需化学合成专业知识,分子生物学实验室常规配备固相合成设备。本流程约需 1 个月完成。

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