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该研究分析 47 例子宫内膜基质肿瘤（ESTs）的甲基化和转录组图谱，发现甲基化谱与组织病理及分子亚型相关，HG-ESS 与未分化子宫肉瘤（UUS）聚类相近，还鉴定出 13 种涉及转录调控基因的新型融合转录本，为 ESTs 分子机制及生物标志物研究提供新视角。
研究背景与目的
子宫内膜基质肿瘤（ESTs）是起源于子宫肌层和子宫内膜基质平滑肌的罕见间叶肿瘤，约占子宫间叶肿瘤的 10%。世界卫生组织（WHO，2020）将其分为子宫内膜基质结节（ESN）、低级别子宫内膜基质肉瘤（LG-ESS）、高级别子宫内膜基质肉瘤（HG-ESS）和未分化子宫肉瘤（UUS）。LG-ESS 的细胞遗传学特征是 7;17 染色体易位，导致 JAZF1::SUZ12 融合，其次是 6p21 染色体带重排导致 PHF1 融合；HG-ESS 则常见 YHWAE::NUMTM2A/B 和 ZC3H7B::BCOR 融合。然而，ESN 和 UUS 无特定基因组改变，且部分 ESS 无已知融合转录本，诊断困难，提示存在未知的肿瘤发生和进展机制。因此，研究团队分析 47 例 ESTs 的甲基化和转录组图谱，以填补相关知识空白。
材料与方法
研究纳入 47 例 ESTs，包括 24 例 LG-ESS、9 例 HG-ESS、5 例 UUS、2 例 ESN 和 7 例未明确分级的 ESS，均按 2020 年 WHO 标准诊断。样本来自挪威镭医院和豪克兰大学医院。提取肿瘤组织的 DNA 和 RNA，采用 Illumina Infinium Human Methylation 450k 或 EPIC 850k 芯片进行甲基化分析，使用 R 软件进行预处理和归一化。通过主成分分析（PCA）和层次聚类分析甲基化数据，计算 CpG 位点的组间平方和（BCSS）以筛选差异甲基化基因。对 21 例样本进行 RNA 测序，利用 FusionCatcher 软件鉴定融合转录本，并通过逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和桑格测序验证。
结果
甲基化谱特征
甲基化谱显示不同肿瘤亚型存在明显聚类，与组织病理和分子亚型相关。LG-ESS 分为两个主要簇，HG-ESS 有两个主要簇，5 例 UUS 中有 3 例聚在一起，且 UUS 与 HG-ESS 紧密聚类，体现其侵袭性。通过 BCSS 分析，在 LG-ESS、HG-ESS 和 UUS 中鉴定出 76 个差异甲基化基因。其中，LMX1B 的两个 CpG 位点（LMX1B-cg04996334 和 LMX1B）和 miR34C 在 LG-ESS 和 HG-ESS 中甲基化模式相同；CFAP45、HDAC4、ACY3、MOB3A 和 XXYLT1 在 HG-ESS 和 UUS 中甲基化模式一致。活化 T 细胞质核因子 1（NFATC1）甲基化值最高，miR34C 甲基化值最低。
融合基因鉴定
在 14 例样本中检测到融合转录本，其中 6 例为已知融合基因，如 LG-ESS 中的 JAZF1::SUZ12 和 MEAF6::PHF1，HG-ESS 中的 YWHAE::NUTM2A/B/E 和 ZC3H7B::BCOR。此外，鉴定出 13 种新型融合转录本，涉及转录调控相关基因，如 HG-ESS 中的 MIR31HG::SULF1、CRY2::CCDC73，ESN 中的 SF1::CSNK1G1，UUS 中的 AP3B2::CALCOCO1 和 MGA::NUTM1 等。所有融合转录本均经 PCR 和桑格测序验证。
讨论
ESTs 中染色体易位导致的融合基因多为转录调控因子，如 PHF1、JAZF1 等，通过形成锌指基序或表观遗传调控发挥作用。本研究发现 HG-ESS 和 UUS 的甲基化谱相近，提示两者可能共享分子通路。LG-ESS 分为两个亚组，可能与不同的分子特征相关。差异甲基化基因中，NFATC1 作为转录因子在肿瘤中起重要作用，miR34C 作为抑癌基因诱导细胞凋亡。新型融合转录本的发现，如 HG-ESS 中长链非编码 RNA（lncRNA）MIR31HG 与抑癌基因 SULF1 的融合，首次揭示 lncRNA 参与 ESTs 融合事件。ESN 中 SF1::CSNK1G1 融合涉及剪接因子和酪蛋白激酶，可能与肿瘤发生相关。UUS 中的 AP3B2::CALCOCO1 和 MGA::NUTM1 融合提示 NCOA2 调节蛋白改变可能是 UUS 的共同机制。
结论
ESTs 中涉及染色体重排的基因通过转录调控或表观遗传机制发挥作用，不同亚型的甲基化特征存在差异，HG-ESS 和 UUS 聚类紧密，部分基因在不同实体中甲基化水平相似，提示肿瘤谱的连续性。特定基因位点的 CpG 甲基化水平可能作为 ESTs 的生物标志物。本研究为 ESTs 的分子机制、诊断和预后评估提供了新依据，但各亚组样本量有限，需进一步研究验证。
