医院获得性鲍曼不动杆菌基因组全景解析：耐药组、毒力组及可移动组的综合研究

为解决医院获得性鲍曼不动杆菌（A. baumannii）多重耐药（MDR）和快速进化问题，研究人员通过全基因组分析揭示了其耐药基因（ARGs）、毒力因子（VFs）和可移动遗传元件（MGEs）的分布特征。研究发现ST2为优势克隆型，鉴定出185种ARGs和25,000个插入序列（IS），证实了基因组的高度可塑性。该研究为临床防控和新型抗菌策略开发提供了重要依据。

　　

鲍曼不动杆菌（A. baumannii）是医院感染的头号威胁之一，被世界卫生组织（WHO）列为“关键优先级”病原体。这种“超级细菌”能抵抗碳青霉烯类等最后防线抗生素，导致血流感染、肺炎等疾病死亡率高达43%。更棘手的是，它通过快速获取耐药基因（ARGs）和毒力因子（VFs）不断进化，形成多重耐药（MDR）、广泛耐药（XDR）甚至全耐药（PDR）菌株。面对这一全球健康危机，来自VIT的研究团队在《Scientific Reports》发表了一项突破性研究，首次对609株临床分离的A. baumannii进行全基因组全景分析，揭示了其耐药和进化的分子机制。

研究采用全基因组测序（WGS）数据，通过MLST分型、胶囊分型（KL/OCL）和泛基因组分析解析菌株多样性；利用CARD和VFDB数据库鉴定ARGs和VFs；通过ISEscan、IntegronFinder等工具追踪IS元件和整合子等可移动遗传元件（MGEs）。

基因组数据集与质量评估
分析涵盖2004-2024年全球609株临床菌株，主要分离自血液和痰液。基因组平均大小4 Mbp，GC含量39%，BUSCO完整性达99.5%，中国（27.9%）和美国（18.6%）为主要来源地。

序列分型与胶囊分型
Pasteur分型显示ST2占主导（50.9%），牛津分型以ST208（20.5%）为主。KL2（20.5%）和OCL1（64.2%）是最常见荚膜类型，亚洲KL2与美洲KL18的分布差异揭示了地域适应性。

耐药组与毒力组特征
鉴定出185种ARGs，其中ade系列外排泵基因（如adeJ）普遍存在，β-内酰胺酶基因（如bla_OXA、bla_NDM）呈现高度多样性。毒力组核心包含31个保守基因，包括T6SS（VI型分泌系统）相关基因，伤口分离株中T6SS富集提示其与组织定植相关。

可移动组解析
发现25,127个IS元件，IS4家族占比最高（如调控bla_OXA-23的ISAbal）。整合子介导的氨基糖苷类（aac(6')-Ib）和β-内酰胺类（bla_GES）耐药基因广泛传播。原噬菌体以Siphoviridae（57.85%）为主，CAS-VI-B型CRISPR-Cas系统在49.4%菌株中检出。

泛基因组分析
2,497个核心基因与15,483个cloud基因构成开放泛基因组，反映A. baumannii通过水平基因转移（HGT）实现快速进化。

该研究首次系统揭示A. baumannii临床分离株的“三位一体”进化策略：外排泵和β-内酰胺酶主导耐药性，T6SS等毒力因子增强致病力，IS元件和整合子加速基因水平转移。ST2-KL2-OCL1克隆复合体的全球传播、qacE基因导致的消毒剂耐药，以及开放泛基因组特性，均对院内感染防控提出严峻挑战。研究成果为开发针对MDRAB的精准治疗和监测策略提供了分子基础，强调需结合地理和感染源特征制定差异化防控措施。