基于NTD-seq技术的全基因组5-甲基胞嘧啶单碱基分辨率无亚硫酸氢盐测序新方法

来自中国的研究人员开发了一种名为NTD-seq的创新技术，用于实现基因组DNA中5-甲基胞嘧啶(5mC)的单碱基分辨率定量检测。该方法通过Naegleria TET样双加氧酶(nTET)氧化5mC，并利用工程化A3A突变体(A3Am)选择性脱氨基未修饰胞嘧啶，成功建立了不依赖亚硫酸氢盐的高精度5mC检测体系。该技术在HEK293T细胞中验证了与传统BS-seq的高度一致性，为表观遗传学研究提供了更高效精准的新工具。

　　

5-甲基胞嘧啶(5mC)作为关键的表观遗传修饰，在基因表达调控中扮演重要角色。这项研究创新性地建立了Naegleria TET辅助脱氨酶测序技术(NTD-seq)，通过源自Naegleria的TET样双加氧酶(nTET)将5mC氧化为5-甲基胞嘧啶氧化产物(5moC)，同时改造人源APOBEC3A(A3A)获得突变体A3Am。该突变体特异性将未修饰的胞嘧啶脱氨基为尿嘧啶(测序显示为胸腺嘧啶)，而5moC则保持稳定(测序仍为胞嘧啶)。这种巧妙的分子设计使得测序数据中保留的胞嘧啶信号直接对应原始5mC位点。应用该技术对HEK293T细胞进行全基因组分析，获得的5mC单碱基分辨率图谱与传统亚硫酸氢盐测序(BS-seq)结果高度吻合。NTD-seq技术的诞生为基因组表观遗传学研究提供了无需亚硫酸氢盐处理的高效精准解决方案。