增强子驱动的基因调控网络揭示肿瘤微环境中调控 T 细胞适应性与分化的转录因子

【字体: 时间:2025年05月27日 来源:Immunity 25.5

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  为明确组织驻留记忆 CD8?T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)形成机制,研究人员开展感染和癌症模型中 TCR 匹配 CD8?T 细胞的单细胞 RNA 及 ATAC 测序研究。发现 KLF2 抑制 Trm 样 TIL 形成,BATF 可促进其生成,为肿瘤微环境中 CD8?T 细胞异质性研究提供框架。

  
Green 等人构建了感染和癌症中抗原特异性 CD8?T 细胞状态的多组学单细胞图谱,揭示增强子驱动的基因调控网络调控 CD8?T 细胞分化和组织适应。研究表明,组织驻留 CD8?T 细胞的分子程序支持实体瘤中肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的积累和抗肿瘤活性。

亮点包括:不同的增强子驱动调控网络是类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)分化的基础;KLF2 在感染中抑制组织驻留记忆 T 细胞(Trm)分化,在癌症中抑制类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)分化;BATF 增强 CD69+CD103+类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的形成;在胰腺癌中,小鼠和人类类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)表现出共同的分子程序。

总结:在实体恶性肿瘤中,具有组织驻留记忆 CD8+T 细胞(Trm)表型的肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)与患者预后改善相关。为确定调控类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)形成的程序,研究人员对感染和癌症模型中 T 细胞受体(TCR)匹配的 CD8+T 细胞进行了配对单细胞 RNA 测序和单细胞 ATAC 测序。从多组学分析数据中组装的增强子驱动调控子揭示了与经典耗竭和记忆 T 细胞状态相关的调控类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)形成的表观遗传和转录程序。转录调节因子 KLF2 抑制 CD69+CD103+类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的形成,并限制抗肿瘤活性。相反,转录因子 BATF 的持续表达增强了 CD69+CD103+肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的形成,这依赖于 KLF2 的下调。转化生长因子 β(TGF-β)信号传导和 CD103 表达是类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)形成所必需的,但 BATF 过表达足以在 TGFBR2 沉默的细胞中驱动 CD69+CD103+肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的形成。这些发现揭示了类似组织驻留记忆 T 细胞(Trm)样肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)分化的机制,并为在肿瘤微环境中 CD8+T 细胞异质性背景下考虑组织驻留提供了框架。

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