基因组时代真菌高阶分类新标准：基于EQP-IC值的伞菌目亚目系统发育研究

为解决基因组数据激增背景下真菌高阶分类的系统发育冲突问题，研究人员通过分析双核亚界（Dikarya）基因组数据，提出扩展四分区节点确定性值（EQP-IC≥0.1）作为分类新标准，并应用于伞菌目（Agaricales）的6个争议亚目（包括新命名的Amanitineae等），揭示其网状进化关系由不完全谱系分选（ILS）和基因渗入（IH）驱动，为真菌分类学提供了量化依据。

　　

基因组数据的爆发式增长彻底改变了真菌系统发育研究的格局，但随之而来的拓扑结构冲突让传统分类标准（如形态特征和分化时间）显得力不从心。这项研究另辟蹊径，通过对双核亚界（Subkingdom Dikarya）开展大规模基因组分析，创新性地提出扩展四分区节点确定性值（Extended Quadripartition Internode Certainty, EQP-IC）作为高阶分类的黄金标准——当该值突破0.1阈值时，分类单元在系统发育树中展现出更稳定的拓扑结构，暗示其更接近自然分类单元。

研究团队将这一利器对准了伞菌目（Agaricales）中著名的"APT三兄弟"：Agaricineae、Pluteineae和Tricholomatineae亚目。通过对142个基因组（含64个新测序）的深度挖掘，发现这些亚目间存在大规模的不完全谱系分选（Incomplete Lineage Sorting, ILS）和基因渗入/杂交（Introgression/Hybridization, IH）现象，这意味着传统的二分法系统发育树可能严重失真，真实的进化关系更接近错综复杂的网状结构。

基于这些发现，分类系统迎来重大革新：三个新亚目Amanitineae、Macrocystidiineae和Omphalinineae被正式纳入伞菌目家族。更令人瞩目的是，原本的Stereopsis humphreyi被重新归类为新属Baisuzhenia，并以此建立了全新的Baisuzheniaceae科和Baisuzheniineae亚目，它们与前述六个亚目构成一个独特的进化支系。这项研究不仅为真菌分类提供了可量化的新标准，更揭示了网状进化在大型真菌辐射适应中的关键作用。