CRISPR-Cas13d转录组学揭示lncRNA异构体在癌症中的广泛选择性依赖及其临床意义

本研究通过RNA靶向CRISPR-Cas13d技术系统解析长链非编码RNA（lncRNA）异构体在癌症中的功能，发现数百个具有临床意义的肿瘤必需（te）-lncRNA异构体，聚焦多发性骨髓瘤（MM）揭示其特异性及泛癌依赖性，并鉴定SNHG6等关键异构体通过内质网-热休克蛋白互作调控蛋白稳态，成果发表于《Blood》为lncRNA靶向治疗提供新视角。

　　

长链非编码RNA（lncRNA）作为基因组中占比超过80%的转录本，其功能解析长期滞后于蛋白质编码基因。尤其在癌症中，lncRNA的异构体多样性、亚细胞定位差异及分子机制模糊性，导致其临床价值未被充分挖掘。多发性骨髓瘤（MM）等血液肿瘤中，lncRNA的异常表达已被报道，但具体哪些异构体驱动肿瘤发生、如何调控关键通路仍是未解之谜。

为系统揭示lncRNA的癌症生物学功能，研究人员采用RNA靶向CRISPR-Cas13d技术（一种可精确切割RNA的基因编辑工具），对MM患者肿瘤细胞及多种癌细胞系的lncRNA转录组进行功能性筛选。通过构建亚细胞定位图谱、动物模型验证及临床数据整合，发现数百个肿瘤必需（te）-lncRNA异构体，其中30余种定位于细胞质的异构体通过CRISPR-Cas13d靶向证实其必要性。研究还创建了开放数据库LongDEP Portal，为领域提供资源支持。

关键实验技术

1. CRISPR-Cas13d高通量筛选：靶向MM患者来源细胞及泛癌细胞系的lncRNA转录组；
2. 亚细胞分馏测序：解析te-lncRNA的核质分布特征；
3. 异种移植模型：验证SNHG6等关键靶点的体内促瘤功能；
4. 互作组学分析：揭示内质网定位的SNHG6异构体与热休克蛋白（HSP）的相互作用。

研究结果
MM特异性与泛癌依赖性
通过CRISPR-Cas13d筛选发现，MM细胞中12%的lncRNA异构体为肿瘤生长所必需，其中7%的依赖性在其他癌症中保守，提示其广谱治疗潜力。

细胞质te-lncRNA的功能必需性
亚细胞定位显示，34个te-lncRNA异构体富集于细胞质，其敲除导致MM细胞凋亡，暗示这些异构体可能通过非核调控机制（如翻译干扰或信号通路调节）发挥作用。

SNHG6异构体的内质网-HSP轴调控
SNHG6的一个内质网定位异构体（ENST0000056321）被证实与HSP90^α/HSP70形成复合物，维持癌细胞蛋白稳态。动物模型中靶向该异构体显著抑制肿瘤生长。

结论与意义
该研究首次在单异构体水平揭示lncRNA的癌症依赖性，突破传统基因敲除的局限性。发现的内质网-HSP调控轴为蛋白稳态靶向治疗提供新策略，而LongDEP Portal的开放将加速lncRNA临床转化研究。成果发表于《Blood》凸显其在血液肿瘤领域的里程碑意义，为CRISPR-Cas13d的肿瘤转录组学应用树立范式。