ddRAD测序揭示瑞士白化小鼠近交系与远交系全基因组SSR标记差异及其遗传监测应用价值

本研究针对实验室小鼠遗传监测需求，通过ddRAD（双酶切限制性位点关联DNA）测序技术，首次系统比较了瑞士白化小鼠远交系（F0）与近交系（F9）的全基因组微卫星（SSR）标记特征。研究发现远交群体具有更丰富的SSR多态性（508个位点vs 353个），并成功设计验证了8个群体特异性标记。该成果为实验室动物品系纯度鉴定、标记辅助育种提供了高效分子工具，避免了重复测序成本。

　　

在生物医学研究的广阔舞台上，实验室小鼠堪称最耀眼的"演员"——全球每年有超过7000万只小鼠参与科学实验。这些毛茸茸的"科研工作者"中，瑞士白化小鼠因其温顺的性格和稳定的遗传背景，成为毒理学、生殖研究的重要模型。然而鲜为人知的是，实验室小鼠群体中潜伏着"身份危机"：近交系培育过程中可能混入外来基因，远交系则面临遗传多样性监控难题。传统遗传监测方法如同用放大镜检查身份证，既费力又低效。印度兽医研究所的科学家们决定用基因组学的"显微镜"破解这一难题。

研究人员开创性地采用ddRAD（double digest restriction-site associated DNA）测序技术，对12只远交系（F₀）和12只近交系（F₉）瑞士白化小鼠展开基因组SSR（简单序列重复）标记挖掘。通过PEAR软件组装、STACKS分析流程和QDD引物设计系统，构建了首个小鼠ddRAD-SSR标记数据库。

ddRAD数据集
测序获得1.32亿条高质量读长，经生物信息学分析发现远交群体SSR数量显著多于近交系（508 vs 353），印证了"近交衰退"理论。特别值得注意的是，三组特异性标记（远交特异性、近交特异性和共有标记）的PCR验证成功率高达100%，电泳条带清晰可辨。

讨论
这项研究揭示了微卫星标记在实验室动物遗传监测中的独特优势：相比SNP（单核苷酸多态性），SSR具有更高的多等位基因频率（multi-allelic）和突变率，对近交系纯度检测灵敏度提升4-12倍。研究人员特别指出，发现的(GT)_n重复单元在远交系中呈现更丰富的长度多态性，这种"遗传条形码"可精准追溯品系混杂事件。

结论
该研究建立了基于ddRAD-SSR的小鼠遗传监测新范式。远交系特异的微卫星标记犹如"基因身份证"，能有效监控繁育过程中的遗传漂变；而近交系标记则像"分子尺子"，可量化评估近交程度。这些发现为《实验动物遗传质量国家标准》的制定提供了分子基准，使得实验室动物管理从"表型监控"迈入"基因认证"时代。正如研究者Roshni Chand在论文中强调的，这项技术将帮助全球实验室"用更少的动物获得更可靠的数据"，既符合3R（替代、减少、优化）原则，又提升了研究可重复性。