全基因组测序揭示印度泰米尔纳德邦结核分枝杆菌流行株的耐药谱系特征与传播动态

本研究通过全基因组测序(WGS)技术，对印度泰米尔纳德邦结核病(MTB)流行调查中分离的124株菌株进行分子特征分析，揭示了75%的菌株属于谱系1(L1)，并首次发现谱系3(L3)与多药耐药(MDR)传播相关。研究对比表型药敏(pDST)与基因型药敏(gDST)结果，显示除乙硫异烟胺(ETH)和异烟肼(INH)外，其他药物一致性>90%，为耐药结核病(DR-TB)精准诊断提供重要依据。

　　

结核病(TB)至今仍是全球最致命的传染病之一，每年导致126万人死亡。在印度这个占全球结核病例25%的国家，多药耐药结核(MDR-TB)和广泛耐药结核(XDR-TB)的蔓延使疫情雪上加霜。更棘手的是，传统表型药敏试验(pDST)耗时长且标准化困难，而基因检测又存在突变解读不确定的难题。在此背景下，印度国家结核病研究所的Priya Rajendran团队对泰米尔纳德邦流行病学调查中的结核分枝杆菌(MTB)分离株展开深入研究，相关成果发表于《Infection, Genetics and Evolution》。

研究人员采用全基因组测序(WGS)技术对124株临床分离株中的71株进行测序，结合表型药敏检测，运用Illumina Miseq平台进行双端测序，通过NIRT CAMRespred生物信息学工具比对H37Rv参考基因组。采用RD-analyzer进行谱系分型，RAxML构建系统发育树，并整合地理信息系统(GIS)进行传播分析。

研究结果显示，75%的测序菌株属于谱系1(L1)，其中80.4%为亚型1.1.2。引人注目的是，3株MDR菌株中2株属于谱系3(L3)，打破了谱系2(L2)主导耐药传播的传统认知。在耐药机制方面，katG基因S315T突变是异烟肼(INH)耐药的主要类型，而rpoB基因S450L突变与利福平(RIF)耐药显著相关。特别值得注意的是，表型与基因型检测对ETH的一致性仅77%，这与其复杂的耐药机制相关。

通过GIS空间分析，研究首次发现L3型MDR菌株在相距233公里的Tiruvallur和Krishnagiri地区形成传播簇，提示可能存在跨区域传播链。尽管30%患者获得治愈，但耐药模式与治疗结局无显著相关性，这可能是由于临床数据缺失导致的统计偏差。

该研究的重要意义在于：首次系统描绘了泰米尔纳德邦MTB的分子流行病学图谱，发现L3谱系在MDR传播中的新作用，为地区性耐药防控提供精准靶点。研究证实WGS在耐药预测中的可靠性（除ETH外一致性>90%），为分子诊断技术推广奠定基础。发现的跨区域传播簇警示需加强耐药结核的主动监测网络。未来需扩大样本量验证L3谱系与MDR的关联，并探索低水平耐药突变（如fabG1 C15T）的临床意义。这项研究为印度实现"终止结核"战略提供了关键的分子流行病学证据。