首揭野生地中海僧海豹肠道微生物组特征：濒危物种健康与生态保护的新视角

本研究针对濒危物种地中海僧海豹（Monachus monachus）肠道微生物组数据缺失的问题，首次通过16S rRNA基因测序（Oxford Nanopore Technologies）分析希腊爱奥尼亚海两个岛屿的野生个体粪便样本，揭示其以Clostridiaceae和Enterobacteriaceae为主的菌群差异，为理解宿主-微生物互作、濒危物种健康评估及海洋生态保护提供关键基线数据。

　　

地中海僧海豹（Monachus monachus）作为全球最濒危的海洋哺乳动物之一，其生存状况直接反映海洋生态健康。尽管IUCN将其保护等级从“极危”调整为“易危”，但全球仅存800-1000只个体仍面临栖息地退化、渔业误捕等威胁。更棘手的是，学界对其生理生态关键因素——肠道微生物组的认知几乎空白。这种“隐形器官”通过营养代谢、免疫调节等功能深刻影响宿主健康，而人类活动导致的海洋污染可能进一步扰乱其菌群平衡。如何解码这一濒危物种的微生物特征，成为平衡保护与科研的紧迫课题。

来自意大利福贾大学的研究团队在《Discover Life》发表突破性成果，首次描绘野生地中海僧海豹肠道微生物组图谱。研究采用非侵入性采样策略，于2024年夏季从希腊爱奥尼亚海的帕克索斯岛（Paxos）和奥索尼岛（Othoni）洞穴中获取两份新鲜粪便样本，通过形态学特征（直径40 cm、强烈鱼腥味）及栖息地排他性确认物种来源。利用Oxford Nanopore Technologies平台进行全长16S rRNA基因测序（27F/1492R引物），经EPI2ME Lab平台进行生物信息学分析（QScore>10，Blast E值0.01，97%准确度），最终获得17,963-48,716条有效序列。

结果部分揭示三大发现：

1. 菌群结构差异显著：S1样本（帕克索斯岛）以厚壁菌门（Bacillota，48.26%）和变形菌门（Pseudomonadota，50.19%）为主，优势菌为艰难梭菌（Clostridioides difficile）和大肠杆菌（Escherichia coli）；S2样本（奥索尼岛）则呈现更高变形菌门比例（70.54%），且携带更丰富的克雷伯菌属（Klebsiella sp.）多样性，包括肺炎克雷伯菌（K. pneumoniae）等7个亚种。
2. 潜在健康警示信号：S1中致病菌如产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）和鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）的检出，与S2中高丰度肠道共生菌（如拟杆菌门Bacteroidota）形成对比，可能反映个体健康状态差异或环境暴露压力。
3. 地理与人为影响因素：奥索尼岛样本菌群多样性更高（735 OTUs vs 592 OTUs），推测与该岛更低人口密度（500人）和更少人为干扰相关，而帕克索斯岛（2500人居民）样本中耐药菌株的富集暗示沿海污染输入风险。

讨论部分强调三重意义：

1. 填补关键知识空白：相较于康复期个体的既往研究（Shigella/Lactobacillus主导），野生样本首次揭示Clostridiales的自然定植模式，支持其作为海豹核心菌群假说。
2. 生态保护新维度：菌群差异可能反映栖息地环境质量，如Enterobacteriaceae的过度增殖与污水排放存在潜在关联，为制定海岸带管理政策提供微生物学依据。
3. 技术方法创新性：采用便携式GridION测序仪实现野外实时分析，克服传统实验室依赖，为偏远地区濒危物种研究建立新范式。

该研究也存在样本量有限（n=2）、个体年龄/性别未验证等局限，但为后续大尺度菌群监测奠定方法学基础。作者建议结合分子标记（如线粒体DNA）完善个体信息，并扩大采样覆盖地中海不同海域。这项“微生物罗盘”研究不仅照亮了濒危物种保护的未知水域，更警示人类活动对海洋“微生态”的深远影响——每一个细菌的波动，都可能是生态系统失衡的早期信号。