铜绿假单胞菌 PDC β- 内酰胺酶氨基酸序列变异功能与结构分析揭示头孢地尔耐药的不同机制路径

【字体: 时间:2025年05月28日 来源:Antimicrobial Agents and Chemotherapy 4.1

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  本文聚焦铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)染色体 β- 内酰胺酶 AmpC(PDC)氨基酸变异,探究其对头孢地尔(cefiderocol)等抗生素耐药的影响。发现 E219K 和 L293P 变异通过不同酶学机制增强头孢地尔水解,为临床应对耐药提供新视角。

  

研究背景与目的


铜绿假单胞菌是革兰氏阴性病原菌,其通过水平基因转移获得广谱耐药机制(如超广谱 β- 内酰胺酶 ESBLs、金属 β- 内酰胺酶)的能力令人担忧。新型 β- 内酰胺 /β- 内酰胺酶抑制剂组合(如头孢他啶 / 阿维巴坦、头孢洛扎 / 他唑巴坦)虽已上市,但耐药菌株不断涌现。头孢地尔是近年获批的新型 β- 内酰胺抗生素,其独特的氯邻苯二酚基团可通过铁载体介导途径穿透周质空间(“特洛伊木马” 机制),但对其耐药机制的研究尚不充分,尤其是铜绿假单胞菌固有 PDC β- 内酰胺酶的氨基酸变异影响。本研究旨在解析 PDC 变异对头孢地尔耐药的分子机制。

材料与方法


利用构建的野生型(PAO1)和铁摄取缺陷型(PAO ΔpiuC)铜绿假单胞菌分离株,表达 19 种 PDC 关键催化区域变异体。通过肉汤微量稀释法测定抗生素最低抑菌浓度(MIC),纯化 PDC-1、E219K 和 L293P 变异体并测定动力学参数(Kmkcatkcat/Km),结合分子动力学(MD)模拟分析变异体结构变化。

关键结果


1. PDC 变异对头孢地尔耐药的不同影响


多数 PDC 变异体对头孢地尔 MIC 影响较小,但 Ω-loop 的 E219K 和螺旋 H10 的 L293P 变异显著升高头孢地尔 MIC。在 PAO ΔpiuC背景下,E219K、L293P 等变异体的头孢地尔 MIC 达 32–64 mg/L。E219K 对头孢洛扎 / 他唑巴坦耐药影响显著,而 L293P 更倾向于影响头孢吡肟和头孢地尔耐药。

2. 动力学机制差异


  • E219K 变异:通过提高催化速率(kcat)增强水解能力,其对头孢地尔的kcat较野生型提高约 125 倍(从 0.0036 s-1至 0.45 s-1),但底物结合亲和力(Km)下降(从 85.29 μM 至 465.64 μM)。
  • L293P 变异:通过降低Km提升底物结合亲和力,对头孢地尔的Km降至 2.69 μM(野生型 85.29 μM),kcat/Km提高 33.75 倍。

3. 结构机制解析


MD 模拟显示,E219K 通过增强 Ω-loop 刚性,促进头孢地尔 R1基团与催化丝氨酸的亲核攻击;L293P 使螺旋 H10 折叠减少,通过与头孢地尔 R2基团形成更强氢键,优化活性位点结合。E219K 的 Ω-loop 与螺旋 H5 的 E171 形成静电作用,限制构象灵活性;L293P 则增加 H9–H10 环柔性,扩大结合口袋。

讨论与意义


本研究揭示 PDC 的 E219K 和 L293P 变异分别通过 “提高催化效率” 和 “增强结合亲和力” 两条路径介导头孢地尔耐药,且与头孢洛扎、头孢吡肟等存在交叉耐药机制。临床需警惕铜绿假单胞菌在抗生素压力下通过 PDC 变异快速进化耐药性,尤其是铁摄取缺陷与 PDC 变异协同导致的高 MIC 表型。研究为预测耐药进化、开发新型抑制剂提供了结构与机制依据,强调动态监测 PDC 变异在抗铜绿假单胞菌治疗中的重要性。

结论


PDC β- 内酰胺酶可通过 E219K 和 L293P 变异利用头孢地尔与其他头孢菌素的结构相似性加速水解,展现了铜绿假单胞菌耐药机制的复杂性与适应性。未来需结合临床菌株监测与结构生物学手段,进一步优化抗生素使用策略,延缓耐药性传播。

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