北京地区临床分离的脓肿分枝杆菌复合群耐药基因预测能力有限的研究

推荐 本文通过全基因组测序技术分析了北京地区81株脓肿分枝杆菌复合群（MABC）的耐药基因，发现已知耐药基因对表型耐药的解释能力有限，尤其是对克拉霉素、亚胺培南等抗生素的耐药机制尚不明确，提示可能存在未知的耐药基因或机制。（MABC）的耐药性问题亟需进一步研究。

　　

文章内容
脓肿分枝杆菌复合群（Mycobacterium abscessus complex, MABC）包括三个亚种：脓肿分枝杆菌（M. abscessus）、马赛分枝杆菌（M. massiliense）和博莱蒂分枝杆菌（M. bolletii），这些细菌已成为慢性肺部疾病患者中引起肺部感染的新兴病原体（1）。MABC细菌具有固有的多重耐药性，目前的治疗选择有限。通常的治疗方案包括大环内酯类（如阿奇霉素[AZM]或克拉霉素[CLM]）与阿米卡星（AK）联合使用，并常与β-内酰胺类药物（如亚胺培南[IPM]或头孢西丁[FOX]）以及贝达喹啉（BDQ）、利奈唑胺（LZD）或氯法齐明（CFZ）联合使用（2）。

在本研究中，研究人员从北京胸科医院收集了81株MABC菌株，这些菌株来自81名肺部疾病患者的痰液样本。所有菌株均进行了最低抑菌浓度（MIC）测试，并进行了全基因组测序（WGS）。结果显示，6株菌株在培养的第3天表现出克拉霉素（CLM）耐药，但只有1株（16.7%）含有rrl基因突变。所有M. abscessus菌株均含有erm(41)^28T（100%，49/49）多态性，并在培养14天后表现出CLM诱导耐药。在61株亚胺培南耐药菌株中，12株（19.7%）的bla基因发生突变。尽管有4株（4.9%）阿米卡星耐药、9株（11.1%）利奈唑胺耐药、8株（9.9%）氯法齐明耐药、23株（28.4%）贝达喹啉耐药和27株（33.3%）头孢西丁耐药菌株，但未发现与这些抗生素耐药相关的已知突变。

这些结果表明，已知耐药基因对临床MABC耐药的预测能力有限，可能存在其他未被识别的基因或新型耐药机制。WGS技术常用于预测结核分枝杆菌（MTB）的耐药性，基于近15万株MTB分离株的表型耐药与突变的相关性（20）。然而，对于MABC，目前仅有约7000个公开可用的基因组序列，其中78%来自欧洲和美洲，亚洲尤其是中国的MABC基因组数据显著缺乏。

在本研究中，研究人员使用新一代测序技术对北京地区81名肺部感染患者的MABC分离株进行了基因组测序，并将已知耐药突变的存在与其表型耐药谱相关联。研究发现，除了CLM耐药外，大多数表型耐药与其他抗生素的已知耐药突变无关，提示可能存在其他未知的耐药机制。

研究还指出，CLM耐药的主要机制包括rrl基因突变和erm(41)^28T介导的诱导耐药。然而，在本研究中，只有1株CLM耐药菌株含有rrl基因突变，而所有49株CLM耐药菌株均含有erm(41)^28T突变。这表明erm(41)^28T突变在CLM耐药中具有100%的预测率。

此外，研究还发现，尽管有64株菌株对亚胺培南耐药，但只有12株（19.6%）的bla基因发生突变。在其他抗生素耐药菌株中，也未发现已知的耐药突变。这表明，MABC的耐药机制可能比目前已知的更为复杂，需要进一步研究以揭示其他潜在的耐药机制。

研究的局限性包括样本量较小，缺乏临床随访数据，以及未能检测到与水平基因转移相关的新型突变。未来的研究应采用更长的测序读长方法，以提高检测水平基因转移的能力，并通过比较转录组分析或药物摄取研究揭示其他耐药机制。

总之，本研究系统分析了81株临床MABC分离株中已知耐药突变与药物敏感性表型之间的相关性，发现除CLM耐药外，大多数表型耐药与已知耐药突变无关，提示可能存在其他未知的耐药机制。这一发现为MABC的耐药机制研究提供了新的方向，并强调了开发新型治疗策略的重要性。