耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌ST6260基因组测序揭示尼泊尔患者导管相关感染的耐药机制

来自尼泊尔加德满都模型医院的研究人员针对院内感染难题，对一例27岁女性患者导管尖端分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(Carbapenem-resistant K. pneumoniae ST6260)进行全基因组测序。研究通过Illumina NovaSeq平台获得5.57 Mb高质量基因组草图，鉴定出blaNDM-5等耐药基因及K17/O1血清型特征，为南亚地区高毒力耐药菌株监测提供关键数据。

　　

在尼泊尔加德满都模型医院，科学家们从一名27岁女性患者的导管尖端（地理坐标N27°42′9.1656″, E85°19′12.5832″）分离出一株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae）。研究人员采用麦康凯琼脂（MacConkey agar）滚板培养法，37℃孵育24小时后，选取单菌落进行营养肉汤（Nutrient broth）扩增。通过CLSI指南推荐的改良碳青霉烯灭活试验（mCIM）确认其耐药性后，利用CTAB法提取DNA，经Illumina NovaSeq 6000平台进行250 bp双端测序（覆盖度70×）。

基因组组装显示该菌株具有5,568,701 bp基因组大小，GC含量57%，包含bla_NDM-5、rmtB等耐药基因的IncFIB/IncFII型质粒。Kleborate分析揭示其属于ST6260型，携带K17荚膜和O1/O2v1脂多糖抗原，毒力因子包括yersiniabactin（ybt9）和截短的ICEKp3移动元件。特别值得注意的是，质粒1（148 kb）携带9种耐药基因，包括介导碳青霉烯耐药的bla_NDM-5和大环内酯耐药基因erm(B)，而染色体突变位点GyrA-83Y/ParC-80I提示其对喹诺酮类药物的潜在耐药性。

这项由尼泊尔科学技术研究院（NAST）资助的研究，首次报道了ST6260型肺炎克雷伯菌在南亚地区的基因组特征，为理解耐药基因（如NDM-5）通过可移动遗传元件（MGEs）在医疗环境中的传播提供了重要线索。