《小鼠早期肠道微生物组中Mammaliicoccus lentus（Staphylococcus lentus）B3菌株全基因组测序揭示其激活母乳补体成分功能》

推荐 来自约翰霍普金斯大学的研究人员对从C1qc基因敲除小鼠肠道中分离的Mammaliicoccus lentus（Staphylococcus lentus）B3菌株进行全基因组测序。结果显示其基因组为2,813,148 bp，含3,711个蛋白编码序列及79个RNA基因，可激活母乳补体成分，为研究早期肠道微生物功能提供新视角。

　　

翻译
Mammaliicoccus lentus（Staphylococcus lentus），一种凝固酶阴性的葡萄球菌科（Staphylococcaceae）成员，属于Mammaliicoccus sciuri（Staphylococcus sciuri）组^（1）及新属Mammaliicoccus，与葡萄球菌（Staphylococcus）密切相关^（2）。尽管已从部分动物中分离^（3），并在临床病例报告中被推测为致病菌^（4–6），M. lentus被认为在早期生命的皮肤^（7）和肠道^（8）微生物组中为共生菌。

本研究报道了从美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学C1qc基因敲除（C1qc^-/-）小鼠肠道微生物组中分离的革兰氏阳性菌M. lentus（S. lentus）B3株的全基因组序列。该菌株在无菌磷酸盐缓冲液重悬的盲肠和结肠内容物接种至Luria–Bertani（LB）琼脂平板，并于37℃需氧培养16小时后获得单菌落。通过重复划线法进一步纯化。

利用NucleoSpin Tissue Kit（Macherey-Nagel, Bethlehem, PA, USA）从单菌落LB肉汤培养物中提取基因组DNA，并通过Qubit 4 Fluorometer（Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA）测定DNA浓度与质量。基因组测序由Novogene Corporation（Sacramento, CA, USA）完成，采用PacBio Sequel II DNA CLR Library Kit（Pacific Biosciences, Menlo Park, CA, USA）制备单分子实时（SMRT）测序文库，并在PacBio Sequel II/IIe系统以连续长读模式测序。

测序数据经SMRTLink^（9）软件（版本7.0）处理，参数设置为最小长度0和最小读长评分0.8。Polymerase reads经高保真区域修剪后分割为含完整质量值及动力学测量的subreads。SMRT长读测序（N₅₀=17,678）产生190,215条reads，覆盖度达1,037倍。初始基因组组装使用Canu^（10）软件（版本2.3），参数设定基因组大小为2.8 Mb，并通过Circlator^（11）软件（版本1.5.5）以dnaA基因起始密码子为起点确定环形结构。新组装的基因组结合Illumina测序数据（30,126,990条reads经Trimmomatic^（12）软件质量控制，版本0.36）进一步优化，并通过Pilon^（13）软件（版本1.24）校正，最终使用Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs^（14）（版本4.0.2）评估组装质量。

M. lentus（S. lentus）B3株基因组大小为2,813,148 bp，GC含量为32.0%。经在线RAST服务器^（15）注释及人工校正后，共鉴定出3,790个基因，包括3,711个编码DNA序列、22个rRNA及57个tRNA。该研究为理解早期肠道微生物组功能提供了新数据。