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为探究贪铜菌属（Cupriavidus）物种间的系统发育关系，研究人员从贵阳斗篷山废弃铁矿区土壤分离到菌株 Agwp_2。通过基因组测序分析，发现其含有两条分别为 3,823,900 bp 和 2,784,676 bp 的染色体及一条 847,469 bp 的质粒，平均 GC 含量 66.17%。该成果为贪铜菌属物种关联性研究提供了重要基因组资源。
贪铜菌属（Cupriavidus）属于 β- 变形菌纲伯克霍尔德菌科的革兰氏阴性细菌。Agwp_2 菌株于 2021 年 7 月从中国贵阳斗篷山一处废弃铁矿区（北纬 26.46°，东经 106.38°）的土壤样本中分离获得。土壤样本经处理制成悬液并剧烈震荡 2 小时后，取 200 μL 上清液涂布于添加 50 μmol/L 硝酸银（AgNO3）的无氯化钠 LB 选择性琼脂平板，28℃倒置培养 48 小时，获得对硝酸银具有抗性的菌落 Agwp_2，其 16S rRNA 基因序列与 necator 菌株 N-1（NR_102851.1）的序列一致性最高达 99.15%，故命名为Cupriavidus sp. Agwp_2。
将 Agwp_2 菌株在 100 mL LB 培养基中 28℃培养 24 小时后，采用 SDS 法提取基因组 DNA，通过琼脂糖凝胶电泳和 Qubit 2.0 荧光计评估其质量和浓度。利用 SQK-LSK109 快速条形码试剂盒和 EXP-NBD104 原生条形码扩展试剂盒制备插入片段≥10 kb 的文库，加载到 PromethION 流动池 FLO-PRO002 上，在 PromethION Beta 测序仪上进行测序。使用 Guppy v6.2.7 进行碱基识别，参数设置为 “-c dna_r9.4.1_450bps_hac_prom.cfg”，并通过 NanoPlot（v1.38.0）进行质量控制（最低 Q 值阈值为 7），最终获得 262,814 条过滤后 reads（2,928,675,317 bp），平均长度 11,143.50 bp，N50值为 12,155 bp，平均覆盖度 392.79×。
基因组组装采用 Unicycler（Version 0.4.7）默认参数，并用 Medaka（v1.8.0）的 “r941_prom_hac_g507” 碱基识别模型进行抛光，通过 Unicycler 自动识别并修剪重叠末端实现基因组环化且未进行旋转。使用 checkM v5.0.2 和 Quast 默认参数评估组装质量，通过 PGAP（version 2024-04-27.build7426）进行平均核苷酸同一性分析，与最接近的近缘种 oxalaticus NBRC 13593T（GCA_001592245.1）的得分低于阈值（>95%），为 92.917%。
该菌株的两条染色体（3,823,900 bp 和 2,784,676 bp）和质粒（847,469 bp）均为环状，GC 含量分别为 66.44%、67.15% 和 61.73%。利用 PGAP v5.3 对 Agwp_2 基因组进行注释，在三个复制子中共鉴定出 6,832 个基因，包括 6,537 个编码序列、93 个 RNA 基因和 202 个假基因。
本研究得到凯里学院教学内容与课程体系改革项目（JG201821）、国家自然科学基金（NSFC，21966015）等多项基金支持。
