人类红细胞miRNA与恶性疟原虫3D7 mRNA的跨物种调控网络：计算解析与功能注释

为探索宿主-寄生虫互作中非编码RNA的跨物种调控机制，研究人员通过生物信息学手段预测了15种人类红细胞miRNA与恶性疟原虫（P. falciparum）3D7株145个靶基因的相互作用。研究发现PfEMP1、RAD54等关键基因及疟疾通路（pfa05144）可能受宿主miRNA调控，首次揭示了红细胞miRNA通过寄生泡影响疟原虫转录组的潜在途径，为疟疾治疗提供新靶点。

　　

背景：微小RNA（miRNA）作为18-24核苷酸的非编码保守RNA分子，通过结合靶标mRNA在转录后水平调控基因表达。最新研究表明，miRNA可跨物种传递并调控异源生物基因。尽管疟原虫（Plasmodia）尚未发现内源性miRNA系统，但研究者提出假说：人类红细胞miRNA可能穿过寄生泡膜，调控恶性疟原虫（P. falciparum 3D7）的转录组。

方法：采用跨物种靶基因预测工具psRNA target server筛选12个miRNA家族的15个成员，结合ShinyGO v0.80进行基因富集分析。通过最大团中心性（MCC）算法构建蛋白互作网络（PPI-network），使用Cytoscape 3.7可视化核心节点（hub nodes）。

结果：预测到145个疟原虫靶基因，包括保守膜蛋白、变异表面抗原PfEMP1、DNA修复酶RAD54等。基因富集显示62个独特基因参与疟疾通路（pfa05144）、同源重组（pfa03440）等过程。PPI网络鉴定出前10枢纽基因如PFE0400w、MAL13P1.380等，其染色体定位经基因组图谱验证。

意义：该计算分析首次揭示人类红细胞miRNA可能通过跨物种调控网络影响疟原虫生命周期关键基因，为理解宿主-寄生虫互作及开发新型抗疟策略提供理论框架。