基于生物信息学分析揭示与乳腺癌远处转移相关的关键长链非编码RNA

推荐 为解决乳腺癌转移早期检测难题，来自科研团队开展生物信息学研究，通过分析GSE102484数据集，识别出8个差异表达lncRNA及10个miRNA，并构建ceRNA调控网络。结果显示SDPR等hub基因参与EMT等转移相关通路，为靶向治疗提供新思路。

　　

翻译
乳腺癌（Breast cancer, BC）是全球女性中最常见的癌症。转移是大多数癌症死亡的主要原因。在转移发生前早期检测BC可提高生存率。理解BC转移机制有助于开发特异性治疗方法。

方法：长链非编码RNA（long non-coding RNAs, lncRNA）在癌症进展中的作用已被认识，但特定lncRNA在BC中的重要性仍未充分探索。本研究利用生物信息学工具识别转移过程中异常表达的新lncRNA。为实现这一目标，使用R语言中的limma包分析了包含转移性和非转移性BC组织样本的基因表达谱GSE102484，筛选标准设定为校正后p值<0.005且|倍数变化（fold change, FC）|≥0.5。通过加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）寻找与lncRNA共表达的基因，随后识别hub基因并进行通路富集分析以深入理解结果。根据既定标准，共鉴定出8个异常表达的lncRNA和前10个miRNA。

结果：WGCNA分析显示异常表达的lncRNA分布在黄色、绿色、棕色、紫色和青绿色共表达模块中。这些共表达模块的富集分析揭示了与转移相关的关键通路，如上皮-间质转化（epithelial-to-mesenchymal transition, EMT）、整合素细胞表面相互作用以及缺氧诱导因子1-α（HIF1-alpha）调控。此外，SDPR、TGFB1I1、ILF3、KIF4A和COL5A1被鉴定为hub基因。基于差异表达lncRNA-miRNA-差异表达mRNA（DElncRNA-miRNA-DEmRNA）关联和共表达关系，最终构建了lncRNA相关的竞争性内源RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）调控轴。

结论：本研究可能发现了与BC转移相关的新lncRNA；然而，仍需进一步研究以确定这些lncRNA在BC转移中的潜在功能。