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本文聚焦印度山羊养殖，综述基因组学在其中的应用。介绍全基因组测序（WGS）、单核苷酸多态性（SNP）阵列等技术，及 DGAT1、GHR 等基因作用，还提及基因组选择（GS）等育种手段，展望技术融合与未来方向。
山羊在印度农村经济中占据重要地位，其存栏量达 1.4888 亿只，拥有 41 个公认本土品种，为当地提供奶、肉、纤维等产品，尤其在边缘环境中作用显著。
基因组学研究推动了对山羊遗传多样性、适应性和性状改良的认识。全基因组测序（WGS）、单核苷酸多态性（SNP）阵列和转录组学技术揭示了与生产、抗病性和繁殖性状相关的遗传标记。例如，Illumina Goat SNP50K BeadChip 等基因组工具及高通量测序技术，助力识别选择信号和数量性状位点（QTL），这些对牛奶产量、肉品质和繁殖力等重要经济性状有影响。
一些关键基因被发现与特定性状相关。DGAT1、GHR 基因与生产效率和繁殖性能相关；BMPR1B 基因与繁殖性能有关；HSP70 基因则与气候适应力相连。
基因组关联研究（GWAS）和基因组选择（GS）实现了精准育种，既能增加遗传增益，又能降低近交风险。RNA 测序帮助了解调控泌乳、生长和繁殖效率的基因表达模式。表观基因组研究聚焦 DNA 甲基化和组蛋白修饰，揭示了调控繁殖力和肌肉发育的机制。
在品种保护方面，保护基因组学通过评估遗传多样性和缓解近交衰退，对本土品种保护至关重要。如 Jamunapari、Beetal、Barbari 和 Black Bengal 等印度山羊品种，对不同农业气候条件有独特遗传适应，需加强保护。
新兴技术如 CRISPR-Cas9 基因编辑，有望用于精准育种以提高生产力和抗病性。将基因组学与人工智能（AI）和大数据分析相结合，可能会革新山羊养殖管理。未来需扩大基因组数据库，开发特定品种的参考基因组，并提升农民的基因组学知识，以保障印度山羊生产的可持续性，改善农村生计。
