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为解决紫纹岩扇贝（Crassadoma gigantea）基因组数据不足问题，研究人员开展其基因组草图组装研究。利用短读长和长读长测序技术，获 817.3 MB 基因组，含 7,183 个支架，BUSCO 完整性 93.3%。为种群遗传和水产养殖提供重要资源。
在海洋生物研究领域，紫纹岩扇贝（Crassadoma gigantea）作为一种分布于北美西海岸、从阿拉斯加北部至墨西哥北部浅海区域（最深达 50 米）的双壳贝类，虽未商业化捕捞，但其兼具 recreational harvest 价值与 aquaculture 潜力，且因栖息地碎片化和易受过度捕捞影响，成为 conservation 关注对象。然而，此前 NCBI 数据库中该物种基因组存在组装碎片化严重（ scaffold N50 仅 2.9 kb）、完整性低（BUSCO 完整性 25.9%）等问题，难以满足种群遗传结构、基因流与环境适应机制等研究需求。为填补这一空白，美国加州大学圣巴巴拉分校（University of California Santa Barbara）与美国海洋能源管理局（Bureau of Ocean Energy Management）的研究团队开展了高质量基因组草图的构建工作，相关成果发表于《BMC Genomic Data》。
研究人员从圣巴巴拉海峡的 Diablo 礁、Naples 礁及 offshore oil and gas Platform A 采集 3 个个体，提取 mantle tissue 的高分子量 DNA。综合运用短读长（DNBSEQ G400，150 bp 读长，9.4585 亿条 reads）和长读长（PacBio，平均 1.5 万 bp，291.9452 万条 reads）测序技术，结合 MASURCA 进行混合组装，以及 WTDBG2、CANU 进行长读长组装，并通过 RagTag 利用近缘种（斑扇贝 Mimachlamys varia 和虾夷扇贝 Mizuhopecten yessoensis）基因组进行参考引导支架搭建，最终获得最优组装结果。
基因组组装与质量评估
通过多组装策略对比，WTDBG2/NextPolish/RagTag 流程产生的基因组表现最佳，大小为 817.168913 Mb，包含 7,183 个 scaffolds 和 8,611 个 contigs，contig N50 为 287 kb，scaffold N50 达 965 kb。BUSCO 分析显示，基于 mollusca_odb10 数据库的 5,295 个单拷贝直系同源基因，完整性达 93.3%（92.7% 单拷贝，0.6% 重复），显著优于 NCBI 现有基因组，表明新组装具有较高的连续性和完整性。
基因组组成与注释
RepeatModeler2 和 RepeatMasker 分析表明，基因组中重复元件占比 32.23%，主要为未分类元件（14.08%）和反转录元件（11.68%）。MetaEuk 共鉴定出 23,409 个独特蛋白序列，经 Pannzer2 功能注释，生物过程、细胞组分和分子功能的 top 2 基因本体分别为 “过程 / 调控”“膜 / 复合物” 和 “结合 / 离子”，为基因功能解析提供了基础。
研究意义与应用前景
该研究构建的紫纹岩扇贝基因组草图，显著提升了现有基因组数据质量，为解析其种群连通性（通过浮游幼虫扩散机制）、适应环境变化的遗传基础提供了关键工具，可助力 SNP 检测和种群遗传推断，纠正传统从头组装的测序误差。在 aquaculture 领域，大闭壳肌的经济价值与广泛分布使其成为潜在养殖对象，高质量基因组将加速遗传育种和养殖技术研发。尽管参考支架搭建存在近缘种差异导致的潜在错配风险，且基因组大小略小于预期（可能与重复区域过度折叠有关），但其仍为双壳类基因组演化研究（如与虾夷扇贝等近缘种的核型比较）提供了重要参考，推动海洋无脊椎动物基因组学与 conservation biology 的发展。
